四川盆地一向以“蜀道难”著称，经过近几十年来的建设，交通闭塞状况虽有了很大改观，但交通对国民经济发展的制约作用仍未根本改变。铁路是本区对外联系的主要运输方式，但铁路线都要穿越崇山峻岭，坡度大、桥隧多、病害多，又系单线，通过能力有限，满足不了经济发展的要求。如宝成铁路南段能力利用率已达129%，长期处于超负荷运行状态。区内每年约有四五百万吨物资运不出去，长途旅客列车大部分时间硬座超员50%以上，春运期间更是人满为患，各大站旅客严重积压，并造成铁路客货争运、全面紧张的局面。公路等级低，等外路和四级路合占80%左右，大部分线路迂回曲折、急变陡坡多、路基窄、路况差，尤其在盆周山区，至今仍有不少乡村不通公路。内河航道比降大、险滩多、航道窄，而且川江航道与上游支流航道等级差别大，使干支流直达运输受到很大限制，加之港口设备普遍简陋，装卸效率低，港口后方集疏运不畅，造成中转环节多和水运费用偏高，因而制约了水运业的发展。
3.工业生产效益不佳，轻工产品竞争力下降
本区工业发展速度虽然较快，但整体效益不佳。1995年，全区独立核算工业企业的百元固定资产原值实现利税为7.26元，资金利税率为5.53%，均比全国平均水平低1/3；百元销售收入实现利润为0.46元，工业成本费用利润率为0.56%，仅分别相当于全国平均水平的15%左右，差距很大。全区企业资产负债率高达68%，企业偿债能力低，并造成相互拖欠，不少企业经营困难和开工不足，约有2/3的工业产品生产能力利用率在60%以下。因此，工业企业亏损情况相当严重，在40个大类行业中有17个行业出现净亏损。全部亏损企业的亏损总额约相当于整个工业实现利税总额的一半。尤其是国有工业企业，在走向市场经济的过程中，由于结构性调整滞后，机制转换缓慢及历史负担沉重等原因，目前的发展面临很大困难，虽然其资产总额可占全部工业的64.8%，但工业总产出却只占40.3%，亏损额占全部工业的60%以上。因此，提高国有工业企业的效益，已成为经济发展面临的一个关键课题。
本区拥有丰富多样的轻工业原料资源，又有广阔的消费市场和众多的廉价劳动力，轻工业理应得到相应的发展。然而，由于产品开发能力弱和技术含量低，在近几年竞争日趋激烈的情况下，本区传统轻工生产已处入不景气状态，不少曾经具有优势的轻工产品市场占有率逐渐下降。例如，1985年时本区的罐头、食用植物油、皮鞋、机制纸与纸板等的产量均可占全国的第二、三位，但到1995年时它们已分别退居为第五至七位。同时，区内轻工业的结构层次也明显偏低，深加工能力弱，影响了经济效益。如本区生丝产量虽占全国的19%，丝织品产量却只占全国的6%，不少生丝被作为原料输出区外；生猪、冻猪肉等更是大量外调，而外地的火腿肠等精加工肉食品则垄断了本地市场。至于服装和日用工业品等，本区产品的竞争力更差，区内市场上约有七成是外地产品。正因为如此，本区1995年整个轻工行业净亏损达15亿元，其中90%以上是以农产品为原料而生产的传统轻工业产品，形势十分严峻。
4.水土流失严重，生态环境恶化
本区山丘广布，地势起伏较大，生态系统比较脆弱。近几十年来，随着人口的迅速增加，大量山坡地被开垦，森林植被遭到破坏，并达到了相当严重的程度。盆中丘陵和盆周山区的垦殖指数，在50年代初期分别只有20%～30%和4%～5%，而70年代则已分别达到40%～50%和20%以上。与此相伴随，森林覆盖率则迅速下降。如渠江流域和嘉陵江流域，50年代初森林覆盖率分别为23%和19.3%，60年代中期就下降到10%左右，直到80年代后期情况才有所好转，但还远未恢复到原有水平。因此，上述地区土壤侵蚀比较严重。据初步推算，本区的土壤侵蚀面积可占总土地面积的52%，平均侵蚀模数为2 309吨/（平方公里·年），其中盆中丘陵大部分县属中度和强度侵蚀区，侵蚀模数可达3 700吨/（平方公里·年），有的更高达6 200吨/（平方公里·年），成为长江上游的主要泥沙来源。