与缺乏森林植被的保护和涵养有关，本区自然灾害的发生频率逐渐增大。较大的洪灾从50年代的4次增加到60年代的7次、70年代的8次，80年代头三年则年年发生，而且1981年的特大洪灾席卷了整个盆地。干旱的威胁面亦广，盆地中西部的春夏旱和盆地东部的伏旱，其中心地带的发生频率都在60%～70%，涉及范围可达数十个县。如1990年盆地东南部80多个县市发生伏旱连秋旱，仅黔江地区就造成80%的溪、河、泉水断流，160万人饮水困难，220多万亩作物受害。此外，盆周山区的滑坡、崩塌、泥石流等危害也不浅，如广元附近的宝成铁路，每年雨季几乎都会因滑坡、崩塌而断道，最严重的一次曾中断行车达两个月之久，造成巨大的直接与间接损失。
本区人口众多，工业集中，“三废”排放量大，单位面积上的污染负荷远高于全国平均水平。由于这里地形封闭，大气排放物不易扩散，加之其能源消费结构中煤占70%以上，而煤质又属本地高硫煤，因此大气烟尘污染和二氧化硫污染都很严重。据1987年16个城市的大气监测资料表明，大气中悬浮微粒日平均浓度值为610微克/立方米，超过国家大气环境质量二级标准的1.33倍；大气中二氧化硫日均值为220微克/立方米，超过国家环境质量二级标准0.47倍；酸雨范围几乎遍及整个盆地，降水PH值平均为4.3，酸雨频率达55.5%，这在全国也是非常突出的。同时，本区江河水质污染也较严重，主要河流中沱江已被中度污染，嘉陵江、岷江被轻度污染，而成都的三河、青白江、毗河及自贡的釜溪河、南充的西河、绵阳的昌安河等小河流则已被严重污染。尤其在枯水期，水质污染加剧，使有限的水资源可利用量和可利用范围进一步缩小，一些城市也因此而出现季节性用水紧张现象。