恩施州的河流均为长江水系，清江是其重要支流。
长江 长江由西向东，流经州境的巴东县北部后入宜昌市境。
清江 古称夷水，因江水清澈而得名。清江为长江中游的支流之一，是湖北省仅次于汉水的第二大河。清江发源于利川市西南齐岳山脉的都亭山麓，干支流自西向东流经州境的咸丰、恩施、建始、宣恩、巴东、鹤峰和宜昌市境的五峰、长阳，在枝城市陆城北注入长江。全长423千米。流域面积16742平方千米。
清江干流在恩施以上为上游，恩施至资丘之间为中游，资丘以下为下游。
清江流域降水充沛，河水流量丰富，河口年平均流量为464立方米/秒。河谷狭窄，水流湍急，总落差1430米，流域水能蕴藏量十分丰富，目前已建成隔河岩电站，正在建设高坝洲电站，最后建设水布垭水利枢纽工程。
神农溪 巴东县境长江北岸的一条常流性河流。
忠建河 清江中游的最大支流，发源于咸丰县境，流经宣恩，汇入清江。全长121千米，流域面积1811平方千米，流域平均海拔1018米，年平均流量约55立方米/秒。
马水河 发源于建始县境，由西向东，再析向南，在恩施市境汇入清江。全长102千米，流域面积1709平方千米，年径流量16.9亿立方米。从源头到河口，由1430米下降至326米，落差大，水能蕴藏量丰富，已建梯级电站3座，装机1.5万千瓦。
溇水 发源于鹤峰县境北部，由西北向东南经湖南省慈利县流入澧水。溇水流域喀斯特地貌广布，发育完好。流域水能资源丰富，已建电站装机7575千瓦。
酉水、唐岩河、郁江均发源于州境，分别从北向南或从北向西南流入重庆市境。