在漫长的历史中，人类绝大部分时间都只能被动地适应自然环境，其活动对环境几乎没有任何影响。面对地质和气候变化引起的生态环境问题，人类只能消极适应而无法加以改变。几百万年过去了，随着社会物质财富和科学技术的积累，人类在一定程度上已经具备了影响和改造世界的力量。但是，直到今天人们仍然只能被动适应地质和气候的长期变化；对气候的短期变化也只能采取有限的补救措施。然而，具有讽刺意味的是，人类行为作用于周围世界的结果往往是造成当地以致全球生态环境问题的根源。
农业是出现最早的物质生产部门，也是首先造成人为生态环境问题的部门。过度砍伐森林和掠夺式的耕作不仅曾经导致一些古代文明的毁灭，而且今天仍然是一些地区特别是热带雨林地区面临的现实生态环境问题。化学肥料和杀虫剂、除草剂、杀菌剂的大量使用所造成的环境污染和自然生态系统破坏则是更普遍的问题。但是，人类已经从历史中吸取了教训，农业生产从总体上看已趋向与生态环境相协调。同时，与其他部门相比较，在合理经营的条件下，农业不仅对生态环境的破坏较小，而且能在相当程度上减轻其他部门对生态环境所造成的破坏，在一定范围内改善生态环境。当然，某些地方过度砍伐森林、过度放牧或开垦草原，不适当地围湖造田或滥用湿地，仍然可造成严重的生态环境问题。我们对此不能掉以轻心。
现代最主要的人为生态环境问题产生于人类生产和生活所产生的废弃物，尤其是工业生产和都市生活所产生的大量有害废液、废渣和废气。“三废”中含有汞、镉、砷、氰化物、酚、多氯联苯、温室气体、烟尘、粉尘等有害物质和病菌、致病霉菌、病毒、寄生虫卵等有害生物，与工业生产和现代交通运输所产生的辐射、振动、噪声、废热一道，从化学、物理和生物三方面造成环境的污染，并进而破坏大自然原有的生态平衡。人类向自然界索取的物质越多，抛向自然界的废弃物也越多；人类改造自然的能力越强，自然界对人类的“报复”也越重。日益严重的生态环境问题就是自然界对人类的“报复”，它不仅阻碍人类社会经济的进一步发展，而且也严重威胁人类的生存。
对生态环境问题的治理主要包括两部分内容：①保护自然环境，保持生态平衡；②控制和治理污染。前者的主要任务是保护生物及其生存环境，包括土地、森林、水资源、野生动植物，以及名胜古迹和风景旅游区。完成这一任务的主要措施包括合理利用土地、植树造林、改造沙漠、建立野生动植物园和自然保护区，以及合理开发利用自然资源等。毫无疑问，上述措施都是农业生产的内容，或者与农业生产密切相关。因此，农业部门是完成这一任务的主力军，在保护自然生态环境方面正在发挥主要作用。
事实上，农业在这方面的作用不仅仅限于减轻人为的生态环境问题，植树造林、改造沙漠等工作在相当大程度上也是与地质、气候变化所造成的生态环境问题作斗争。无论是中国西北地区古代的绿洲农业，还是现代的“三北工程”，实质上都是以农业为手段对自然环境施加影响，使之向更有利于人类生存的方向变化，使之更符合可持续发展的目标。对人类社会来说，这些努力的目标不仅是增加农产品的产量，更是改善自然生态环境。其他类似的农业工程和生产技术都有相同的作用。
在治理污染方面，农业也有相当重要的作用。粪便和一些生产、生活废弃物在种植业、畜牧业和渔业生产中可以用作有机肥料、饲料、饵料，或者可以通过其他方式加以利用。这样不仅可以增加农业生产，还可以减少对环境的污染。农作物和林木都是绿色植物，它们都以二氧化碳作为光合作用的原料，因而在减少温室效应方面具有积极作用。城市绿地还可以有效地降低噪音、减少空气中的悬浮物，同时削弱都市的“热岛”效应。此外，微生物在废液和废渣无害化的处理中已经发挥了十分显著的作用。