为了改变目前的状况，必须分析国际上集装箱船的发展趋势。当今装载能力为2 500TEU以上4万吨级的大型集装箱船已成为洲际班轮的主力船型，要求较深的航道。如2 700TEU的巴拿马型集装箱船满载吃水深为12米（相当于第三代集装箱船），但长江口由于拦门沙的阻挡，第三代集装箱船不能通过或必须候潮减载通过。若装载能力为4 400标箱的6万吨级超巴拿马型集装箱船，最大吃水深为13.5米，长江口根本不能通过。但是根据对长江口拦门沙航道演变规律与深水航道整治的研究，完全有可能浚深长江口航道。已提出的方案是选择长江口南港北槽作为深水航道，筑堤攻沙和疏浚，主航道由现在的7米水深加深至12.5米，5万吨级海轮可全天候进出，10万吨级海轮可乘潮进出，从而为第三代、第四代集装箱进入长江口创造条件。这不仅可为上海港，而且也可为直至南京的沿江港口的未来发展打下良好的基础。很明显，这不是一般的建设工程，而是发挥上海龙头作用，带动长江三角洲与沿江经济带腾飞的战略措施。当务之急是及早动手，进行长江口深水航道整治，打通大吨位海轮的入海通道，避免错过时机，给未来的发展带来困难。
3.港口群的合理布局
上海地理位置重要，经济实力雄厚，货物运输发生量大，与国际上的许多大港较早建立了联系，综合条件最好。因此以上海作为长江三角洲的中心港，集装箱运输相对集中于上海，有助于提高港口运输效率和经济效益，为此有必要扩大上海港本身的港区，当前重点是五号沟开挖港池。但是将上海建成国际航运中心不能仅限于上海港，更为重要的是发挥上海港的经营组织作用，以上海港为中心形成长江三角洲巨型港口体系。
长江三角洲除上海港区外，还包括三个港口群：一是宁波—舟山港口群，由宁波、北仑、镇海与舟山诸港组成；二是长江下游港口群，由南京港及以下沿江诸港——镇江大港、扬州港、江阴港、张家港港、常熟港、太仓港、南通港等组成；三是长江口北面临海的洋口港与吕四港。上述港口都应与上海国际航运中心的建设相呼应，联合发展。
比较长江三角洲各港口群的特点可以看出，合理进行港口布局，优势互补，有序建设，是建成上海国际航运中心的关键。
国际上海运发展集装箱船还有大型化的趋势。上海港虽经长江口拦门沙整治将水深浚深至—12.5米，仍不能满足未来第五代集装箱船（装载6 000TEU）的吃水要求。好望角船型装载散货已达10～15万吨级，第五代集装箱船要求吃水深达18米，因此必须注意发挥其它港口的作用。而宁波北仑港为我国四大深水港之一，深水离岸近，风浪掩蔽条件好，沿海有宽广的陆地，拥有大于15米的深水岸线达13.5公里，已有万吨以上泊位23个，同时舟山本岛与邻近岛屿水域水深15米以上深水岸线达70公里，北面嵊泗与长江口相对，也有不少具有深水岸线的岛屿。北仑港的不足是经济腹地较小，舟山群岛建港的不利因素是除腹地不足外，还缺少淡水和陆域。但是北仑港完全有条件和上海港相配合，组织相当数量的远洋集装箱由北仑港中转出口，成为国际航运中心的次中心港。舟山亦可选定港址作为水水中转基地作长远布局。
长江口深水航道打通后将给南京以下425公里的黄金水道带来很大好处，沿江两岸共有岸线910.6公里，其中大于10米的深水岸线273公里，5～10米的深水岸线208公里。从航道条件看南京以下部分河段经必要的整治，5万吨级海轮可直驶南京，10万吨级海轮可达江阴。由于南京以上受南京大桥净空（24米）的限制，只能通过5 000吨级船只，南京港的作用便显得更为重要。目前南京港已是国内最大的内河港，集商贸、中转、联运为一体，今后将是河海港口，也是上海国际航运中心的次中心港。南京以下各港也都有各自的发展条件，且箱源丰富，除供应上海外，也可发展若干河海与近海航线的集装箱运输，成为上海国际航运中心的组成部分。当前的矛盾在于建设无序，沿江两岸港口码头规划布局不尽合理，建设选址随意性强，码头产权结构复杂，由于货源腹地重复计算，常引起盲目竞争，许多港口货源不足，造成码头设施的巨大浪费。有的港口综合条件优越，需加大开发力度。如太仓港紧邻上海，与苏州、无锡一带有便捷的水陆运输条件，又为中国国际远洋运输公司所在地，该公司集装箱运输能力居世界第四位，目前又正与苏州市共建国际远洋城，太仓港加快建成后，对扩充上海港的集装箱泊位，也可起到一定作用，从而进入上海国际航运中心的核心圈。