西南少数民族聚居地设：土司，委以当地部族酋长，世袭，管辖土府、州、县。
东北（黑龙江流域奴尔干都司）、西北（哈密七卫）、及青藏地区（乌思藏、朵甘思）设“羁縻都司、卫、所”，由少数民族酋长担任指挥使者，发敕书印信，隶于兵部。
西藏地方政教领袖有灌顶国师；赞善、护教、阐化、阐教王封号，受封于明朝皇帝，各有封地，形同地方政权。
朝廷为有效地控制土司，一般设“流官”值理。各级土官由朝廷委任，颁给印信，为其统治的凭证，明代土司之间纠纷，往往为争夺印信以取得属民的承认。明代一方面完善土司制度，另一方面又实行“改土归流”政策，革除土官的世袭，代以流官，逐步纳入地方行政系统。
明代设巡按御史为监察官员负责监察各省三司，以防止地方专权。例：戏剧中的江南八府巡按的故事。但因地方三权分立，无统一领导，产生政权运转不灵的弊病，于是明中叶以后又有总督，巡抚之设。巡抚：“巡守抚军”，以民事为主，设于各省。总督：以军事为主，兼理民政，大都设在边区。另有专管漕运、河运的总督。总督、巡抚对清代及后世影响很深，
三．清代的地方行政区划
满清入关，定都北京，废南直隶（南京），清初沿袭明代15省的划分，各省事务以巡抚为主，每省设一总督主军务，这是总督、巡抚成为地方行政官员之始。
康熙六年（1667）鉴于原明代南直隶（江南省）、陕西省、湖广省辖域过大，各分为两个省。全国为18个省：
直隶、江苏、安徽、山东、山西、陕西、甘肃、河南、四川、江西、湖北、湖南、浙江、福建、广东、广西、贵州、云南。
乾隆25年（1760）全国定为8总督，总督为地方最高长官。即：
直隶总督
两江总督，辖江苏、安徽、江西三省
陕甘总督，辖陕西、甘肃二省
四川总督
闽浙总督，辖福建、浙江二省
湖广总督，辖湖北、湖南二省
两广总督，辖广东、广西二省
云贵总督，辖云南、贵州二省，
另有河道总督专责河防事宜，漕运总督专事漕运。
雍正年间直隶总督兼巡抚事，乾隆中叶，因军务日重，裁四川、甘肃二巡抚，统由总督兼理。故，全国只有15巡抚。山东、山西、河南三省未设总督辖区，由巡抚兼总督事。
光绪10年（1884）新疆建省，置巡抚一人；11年（1885）福建分设台湾省，由福建巡抚改任，移驻台湾（治今台南），1895年中日战争后割让日本；光绪33年（1907）增设奉天、吉林、黑龙江三巡抚和东三省总督，所以，清未共有23省，9总督15巡抚。
清代省一级长官：总督总理大区域军政事务，职权最重。巡抚掌一省财政、民政、司法，乡试，地位略次于总督，二者常并称“封疆大吏”。
清代在边疆地区实行军政合一的制度，由中央委派重臣，授以将军、办事大臣等职来统辖。全国有五个将军辖区：
盛京（驻奉天府，今沈阳）、吉林（驻吉林）、黑龙江（驻齐齐哈尔）、乌里雅苏台（驻今蒙古）、伊犁（驻惠远城，今新疆霍城东南）。
二个办事大臣：西藏（驻拉萨）、西宁（驻甘肃省西宁府），分管西藏、青海地区。
一个由中央理藩院直接管理的内蒙古地区：内六盟、套西二旗与察哈尔。
清朝确立省制的过程中，在雍正朝完成改土归流，一个多民族的统一国家最终形成。
清代省以下的各级行政区划统隶关系如下：
┌——州
┌——府————县
│ └——厅
省─┤
├——州─———县
└——厅
小结：
明、清及至现代，省制一直被承袭下来，数目增加了，省境有继承，也有变化。元明清时期省级地方行政区划最重要的特点：突破了按山川形势走向，自然区域划分的规律。