3．对陆生植物资源及水禽的影响
珍稀植物一般都分布在300米高程以上，对它们影响不大，同时已建立珍稀植物园予以保护。水禽数量将有所增加。
4．对水生生物的影响
水库浮游生物和底栖动物将有所增加，种类组成将发生变化；江阔水深，水库养殖水面扩大，支流库滩将成为鱼类新的栖养之地，而且库周被淹没的大量植物和肥沃土地，为鱼类提供了丰富的饵料，是鱼类生存繁殖的良好场所，鱼产量将有所增加。
5．对人类健康的影响
据近年调查，三峡库区未发现钉螺，无血吸虫病流行。建坝后由于对长江中下游的洪涝灾害有所减轻，因此不利于钉螺的孽生与迁移扩散，并有助于消灭沿江洲滩地区钉螺和血吸虫病。
6．对植被的影响
由于移民向高处后靠，如果不高度重视生态环境保护，将引起植被破坏、水土流失。要采取生态保护措施，加以预防和解决，同时，加大防护林建设。环境容量有限的地区，移民可异地安置或分散外迁。
7．水土流失与水土保持
三峡地区一般高程在500～2000米，地貌复杂，灰岩、紫色砂页岩成片出露，花岗岩、变质岩局部分布，不同的地貌与岩性组合，使三峡地区水土流失形式既有水土流失最为严重的滑坡、泥石流、崩塌发育，又有岩石裸露、土地退化等不可逆转的水土流失存在，造成水土流失成因和形式的复杂多样，因而，必须注意水土流失和水土保持工作。对水土流失治理宜实行“以防为主，防治结合；因地制宜，综合防治；重点突破，积极推进”的方针。
（二）对长江中下游地区的影响
1．水文情势变化
经三峡水库调节后，下泄的年径流量不变，年入海水量也不变，10月因水库蓄水、月下泄水量略有减少；1～5月枯季月下泄水量略有增加，其他各月月径流量基本不变，且上述月径流量的增加和减少，均在天然各月流量变化的幅度之内。因此，三峡水库对下流水文情势的变化影响不大（见下图）。
2．对河道冲刷的影响
三峡水库采用汛期降低水位泄洪排沙，汛后蓄水的“蓄清排浑”运行方式，能有效地发挥蓄水排沙作用。三峡工程建成后，下泄水变清，长江中下游干流河道将产生长距离冲淤变化（出现冲刷和坍岸），可能造成新的险工河段（特别是荆江河段），应予以注意。
3．对平原湖区的影响
长江中下游平原是我国著名的“鱼米之乡”和工农业生产基地。三峡建坝后在减少中游地区洪涝灾害，减少洞庭湖淤积等方面将发挥重要作用。
对于长江径流调节变化，是否会加重平原湖区渍害，影响土壤潜育化、沼泽化问题，尚有不同看法。但不管建不建三峡工程，都要注意排涝除渍，控制地下水位。
4．对珍稀物种资源的影响
珍稀水生生物白鳍豚自宜昌至河口分布有42个群体，建坝后江心洲或边滩以及大回水域变小，白鳍豚栖息生境受到影响。
中华鲟属上溯产卵回游性鱼类，葛洲坝水利枢纽建成后回游虽受到阻碍，但目前仍在坝下江段自然繁殖，同时人工投放鱼苗也已成功。
扬子鳄、大鲵、江豚等不会受到影响。上游的鲟和胭脂鱼幼苗不能漂到坝下，在中下游难以形成较大群体，国家已在宜宾江段建立珍稀鱼类自然保护区和人工繁殖放流站。
（三）对河口和邻近海域的影响
1．对河口泥沙和侵蚀堆积过程的影响
三峡水库建成初期，约有70％的泥沙淤积库区，有30％的泥沙排入下游河道，由于坝下清水下泄，将从河床不断补给泥沙，经过至河口1800千米的补给，入海沙量不会有大的减少，所以对河口侵蚀、堆积的过程没有大的影响。水流挟沙能力加大对减少河槽淤积有利，但细颗粒泥沙减少会降低自净能力。