日本自土地改革之后确立的以自耕农为主体的农业经营结构，40年来没有很大的变化。自耕农的家庭经营，是日本农业中的主要经营形式，此外还有日本农业协同组合、地方公共团体、农业公司等。分别介绍如下：
（一）农户家庭经营形式
拥有土地面积小是日本农户的重要特点。虽然农户数量减少，但由于耕地面积也在减少，所以，平均每户经营的土地面积增加十分有限。70年代，平均每户经营的土地面积仅增加0.07hm2，90年代初平均每户的土地面积为1.2hm2。如进一步分析，1hm2以下的小农户比重近年来虽有所下降，但1995年仍占到68％左右；而2hm2以上的较大农户比重虽有所提高，但提高的速度缓慢，从1950年的近4％上升到1995年的9％。尽管这种大农户在许多农业项目中已显示出相当的竞争力，获得国家政策的关照，在畜牧业和设施园艺中的地位日益重要，但发展仍然有限。这是由于工业和城市建设对土地的需求量很大，造成地价急剧上涨，以致造成部分农民无钱购买土地，而另一部分农民不愿销售土地，甚至宁让土地荒芜，也不出售。
无论是大小农户都主要使用家庭劳动力，雇工多是临时工，而且雇工数量日益减少。其原因是：农户耕地面积不大；农机普及率高；工业中雇工工资比农业高一倍。
（二）农民兼业经营形式
日本农民兼业化经营的情况在战前就存在。20世纪60年代工业高速增长，使兼业农民数量增加。日本农民就职情况可分为三类：一是专业农户，即农户劳动力的全部劳动时间只从事农业；二是第一兼业农户，即农户劳动力以农为主，兼搞他业；三是第二兼业农户，即农户劳动力以他业为主，以农业为副业。
近40年来，日本兼业农户已占到总农户的90％以上，而且是第二兼业农户激增。他们占总农户的比重从1950年的21％上升1995年的75％，这意味着是日本有2／3的农民变成了保留一点土地，只是在企业休息日干农活的工人或职员。同时，专业农户和第一兼业农户的数量和比重大幅下降。
日本农户兼业化现象突出，由于收入主要不是来自农业，所以相当部分农民对农业生产并不关心，从而影响农业生产，同时它也影响了农业生产的集中，影响了日本适度规模经营的形成。
（三）日本农协的经营形式
日本农协即日本农业协同组合。
20世纪初，日本就学习西方国家的合作社而加以提倡，以政府的力量在全国农村推行销售合作社。这些合作社团在二战中为日本军队服务而在战败时被取缔。1947年，日本在占领军当局指导下重建农业协同组合。它是在政府的监督和财政支持下，为贯彻国家农业政策、为农民的生产经营提供服务的合作组织。
日本农协的组织机构是按行政区划建的，相应有全国农协、地方农协和基层农协，每一级农协中又有综合性农协和专业性农协两类组织。
在农业生产上，农协向农民传授新技术，设有农机租赁、修理及燃料供应等机构为农民服务，有的农协自己拥有专业化的农牧场、农产品加工厂和仓库等。
在农村流通领域，农民出售农产品总额的90％以上是通过农协组织的；政府收购稻米的业务全部委托农协代办；农协也向农户提供各类价廉质优的农用物资和生活用品。
在农村金融活动上，国家政策性支农贷款的大部分都通过农协金融机构办理，农协金融还承担着农户的会计工作。
除经济活动外，农协还从事农村的文化卫生服务，设有托儿所、养老院、医院等。
（四）其他经营形式
其他经营形式包括：共同经营，即由两户以上的农民以不同的方式合并经营，亦称协业经营；地方公共团体经营，即某些无利可图但有利公益的生产由公共团体承担的经营；公司经营，即工商金融资本直接投资农牧场的经营。以上经营形式在日本农业中数量有限。
五、日本农业的问题及对策
（一）日本农业的主要问题
第一，日本农村劳动力的转移，并没有带来农业经营的集中化发展。由于地价过高和“兼业经营”的影响，日本农业依然保存着分散的小规模经营的格局。在这种格局下，由于资源配置不合理，规模效益无法获得。而且，许多人也开始忽视农业生产，耕地的复种指数不断降低（1950年日本耕地的复种指数为154，1990年降至101.1），并出现了土地抛荒的现象。对于一个耕地资源相对稀缺的国家来说，这是严重的问题。
第二，日本农业生产严重依靠进口石油。日本是能源缺乏的国家，其在20世纪60年代经济的高速增长是以进口廉价石油为条件的，日本现代化农业也是用进口石油“浇灌”出来的。因此，日本农业受到国际石油市场状况的牵制。20世纪70年代以来，国际市场石油价格几次上扬，这必然使该国农产品成本提高。如果农业规模适当，随着劳动生产率和土地生产率的提高，农场主仍然可以得到一定的收益；但由于日本经营规模小，日本高投入的石油农业并未带来高收入，反而出现生产效率走低的趋势。为了保证农民的利益，国家不得不采取价格支持和补贴政策、财政负担沉重。
第三，日本农业生产并未根据市场需求的变化及时加以调整。战后日本居民的食品消费发生很大的改变，历来以食用大米和鱼为主的日本人，逐渐转向喜好食用肉、蛋、奶等畜产品及砂糖、水果等，以弥补营养结构中的不足。但是，这种需求的变化并未在农业资源的利用中反映出来。例如，大米需求缩减，并未减少稻谷的生产；而畜产品需求的增加，又是通过进口饲料发展畜牧业来满足的。于是在日本出现了一方面大米过剩，过剩的大米由于成本高而无法进入国际市场，而另一方面小麦、玉米、大豆等严重不足，需要大量进口的不正常情况。
（二）日本政府采取的主要对策
为了缓解农业生产中的上述矛盾，日本政府采取了一系列的措施，主要内容是：
首先，对经过选择需要扩大的生产部门给予资金和技术上的支持；对在进行调整作物种植结构的部门，比如改稻种麦的农场，提供补贴等。这是所谓的生产措施。
其次，在稳定农产品价格的基础上，促进农产品流通合理化。比如，为发展工厂化大型畜禽饲料业而决定敞开饲料进口；以及实施所谓“自主流通米”的办法和政府限量收购大米的办法，使由政府确定的居高不下的大米价格通过市场得到部分调整。这是所谓的市场——价格措施。
最后，用经济引导的方法改变现有农户的分散所有、分散经营，使之由分散向大规模经营转化。为此，政府在技术和资金上扶持骨干农户，并制定相关法律如《农地利用增进法》以促进农地流动和相对集中。这是所谓的结构措施。
这三个措施的中心是结构措施，它从根本上关系到如何更有效地利用日本稀缺的耕地资源。但从实践中看，该措施见效缓慢，主要原因仍在地价过高和政府大米收购价高两方面，从而导致农地流动困难。