三峡库区处于崇山峻岭包围之中，气温相对比较暖和，因此，成为我国古老、孑遗生物的保留中心。
银杉 属裸子植物松科。常绿针叶乔木。国家列为一级保护植物。银杉主干高大通直，挺拔秀丽，枝叶繁茂，线形叶背面有两条银白色的气孔带。
银杏 属裸子植物银杏科。为落叶高大乔木。
水杉 属裸子植物杉科。珍贵的古老树种。落叶乔木。
珙桐（中国鸽子树） 属珙桐科。落叶乔木，叶阔卵形，头状花序，外包二枚白色大苞片，远望像一双白鸽栖息树上。
巴东木莲 树木高大，四季常青，花大而白，风姿绰约，花香浓郁，是优良的风景树种。主要生长在海拔1000米左右的山坡沟谷。
川明参 五加科人参属植物，我国特有的中药材。
胭脂鱼 体侧扁而高，呈斜方形，色彩美丽，红色具有黑色斑条，长达1米余，重达30～40千克，溯江产卵，为亚洲大陆唯一的鱼种，分布在长江及闽江，但目前闽江的胭脂鱼已极为罕见，因此在长江的胭脂鱼就十分珍稀。
白鳍豚 生活的水域主要在长江，被誉为水中“熊猫”。
中华鲟、长江鲟、白鲟也是珍稀鱼类。