家畜的非传染性内部器官疾病，包括消化系统、呼吸系统、心血管系统、神经系统和泌尿系统，以及血液和造血器官、内分泌腺、营养和代谢、中毒、遗传、免疫及生态失调等疾病。
家畜内科病的发病原因，与饲养、管理和内外环境因素的变化有密切关系，其中以饲料和饲养条件因素最重要。消化紊乱和异常，如牛的前胃疾病，马的腹痛和各种中毒等，都与饲料质量不良及饲养方法不当直接关联。环境气候变化及空气尘土污染常是呼吸系统疾病的诱发因素。心血管系统疾病如心力衰竭等多是使役不当的后果。泌尿系统疾病则多与母畜尿路感染及有毒物质中毒有关。代谢疾病常见于母畜妊娠后期和分娩初期的高产母牛，这是它们的内环境稳定在此期间常受不同程度的破坏所致。营养缺乏症多见于舍饲牛及笼养鸡，这与日粮配方中的营养成分与动物的生长、生殖及乳、蛋生产需要不相适应有关。此外，家畜亲代的体格缺陷、免疫功能不全以及过敏性等也可通过遗传方式垂直传递给后代。这些由直接因素所致的内科病可归类为原发性内科病。所谓继发性内科病是在其他疾病的基础上发生的，其中包括传染病、寄生虫病、外科病和产科病。如家畜沙门氏菌病及大肠杆菌病所致的胃肠炎和腹泻。原发性和继发性内科病的鉴别，对于诊断和防治具有重要意义。
在中国，家畜内科病以消化系统的发病率最高，其中又以牛的前胃和皱胃疾病及马的胃肠性腹痛为多。其他各系统中也都有一些重点病：如呼吸系统病中的牛急性肺气肿，心血管系统病中的心力衰竭和牛创伤性心包炎，神经系统病中的中暑，泌尿系统病中的肾病、肾炎以及反刍兽的尿石症等。
在家畜内科病的防治方面，以下两大类问题正日受注意。一是由集约化饲养管理和工厂化生产程序带来的亚临床营养代谢疾病发病率增高。这些疾病在临床上见不到明显症状，但能严重影响家畜的正常生长发育和生殖能力，降低畜产品的数量和质量，同时增加饲料的消耗量，使畜牧生产招致经济损失。二是由于工业和农药污染程度日益加剧，导致自然环境和生态平衡的破坏、家畜中毒发病率增高及畜群体内普遍存留残毒。饲料添加剂的滥用也严重影响食品卫生。对于前一问题，许多国家已开始建立各种监测预警系统进行监视，如在高产母牛体内代谢水平最容易产生波动性变化的围产期，通过多项血液化学自动分析仪进行代谢剖面测试并作出预报等。对于后一问题，则主要通过重视环境保护和公共卫生加以解决。
（四）家畜营养和代谢疾病
家畜营养缺乏及代谢紊乱可能引起全身性群发病，包括糖、脂肪和蛋白质代谢紊乱，矿物质和水、盐代谢障碍，维生素缺乏症和微量元素缺乏症等。这类疾病不少呈隐性或亚临床病例，常导致家畜生长缓慢、产量降低。
营养缺乏症和代谢紊乱在病理变化或症状方面常以某些系统为主。如钙、磷代谢障碍和维生素D缺乏症主要在骨骼系统；维生素A缺乏症主要在视网膜及骨骼；维生素E和硒缺乏症主要在肌肉；碘缺乏症主要在甲状腺；锌缺乏症主要在皮肤等。构成这类疾病的原因很多，常表现一定的地方性特征。如北纬40°以上的地区由于光照时间缩短，常发生骨软病和维生素D缺乏症；在硒、碘、锌等微量元素缺乏地区，可分别发生羔羊白肌病、幼畜甲状腺肿、仔猪皮肤不全角化症等疾病。随着家畜生产性能的提高，这类疾病更易发生。如高产奶牛分娩后最初10周可因饲料中能量及糖不足而发生酮病；饲料营养成分中高钙低磷及维生素D缺乏、分娩后又大量泌乳可促使罹患生产瘫痪。近年已把奶牛酮病、生产瘫痪、倒地不起综合症、低镁血症性抽搐、产后血红蛋白尿等营养和代谢疾病独立出来称之为生产疾病，其病因都是由于母牛在饲料营养的摄取与泌乳生产的支出之间呈现不平衡所致。某些营养成分过多而另一些营养元素的不足或缺乏，与两种或两种以上元素进入机体内产生互相协同或互相拮抗作用有关，如牛缺铜可因钼过多所致，猪缺锌可因钙过剩所致。机体内各种营养物质之间也常相互干扰吸收和转化，如缺磷饲料可降低胡萝卜素的转化作用，而低磷饲料却有利于维生素A的贮存；维生素E可防止体内硒的氧化；饲料中含大量胡萝卜素具有抗维生素D作用等。
随着兽医技术的发展和检测水平的提高，现已能对一些亚临床病例和许多过去未知的营养和代谢疾病加以诊断。一般首先根据动物的种类、用途、年龄、胎次及生产水平，计算出对必需营养物质的实际饲料消耗量、消化率和利用率，然后对照临床症状和临床病理实验室诊断材料，判定各种有关营养成分在活体内的代谢水平及其平衡状态，从而作出病原学诊断，再根据病原采取相应治疗措施。平衡日粮配比，加强饲养管理是主要的预防措施。
（五）鱼病
鱼病是致病因素作用于鱼体时鱼的正常生命活动受扰乱的现象。鱼病广义上还包括其他水生动物的病害。由于鱼病的流行对水产养殖的威胁十分严重，故研究鱼病的病原、病因、发病机理和防治手段以控制其流行，具有重要经济意义。按不同的病原大致可分为传染性鱼病、侵袭性鱼病（寄生虫病）和普通病鱼病三大类。
防治手段主要采用科学放养，提高鱼体抗病力，控制病原及施用药物等措施。