从系统内部来看，农业产业化的运行机制主要由利益机制、约束机制组成。
（一）利益机制
一切经济联合最根本的是利益的联合，共同利益一致性及分配合理化是产业化经营的根本保障。利益机制包括两方面：一是利益的创造；二是利益的分配。其中，利益分配机制是农业产业化经营系统中最核心的问题。农业产业化系统内建立“风险共担，利益共享”的调节保障制度，形成经济共同体，是产业化经营中最基本的利益机制，否则，农业产业化经营就建立不起来，维持不下去。
从各地实践的情况看，现行的利益分配方式有：“龙头”企业按合同保护价收购签约农户的产品，农户可得一定利润；实行股份制的按股分红；利润返还和让利于农户，即“龙头”企业按照各参与者主体交售产品的比例将一部分利润返还给签约基地与农户，还利于农；企业与农户有租赁关系的，以租金方式付给租让其承包地的农户；预付资金和免费扶持。
（二）约束机制
约束机制是指通过对各个经济主体行为的规范，以提高产业组织的整合功能、效率功能和抗逆功能。农业产业化中不同经济主体约束机制的建立往往通过三条途径：一是依靠人与法人的自觉行为、良好的道德观念和行为准则，这是建立约束机制的基石；二是运用法律手段，建立合同制；三是通过产权的流转和重组，建立资产关系。
从“龙头”企业与农户的联结关系和要素组合方式来看，农业产业化经营采用的运行约束机制有以下五种：
1．市场约束机制。“龙头”凭借自己的信誉和传统的产销关系，与农户和原料产地通过市场进行交易，价格随行就市。这种运行方式多适于农业产业化经营与系统以外的市场主体进行交易，而在系统内部当保护价低于市场价时也采用市场机制。一般认为，“龙头”企业与农户没有契约（合同）关系的，只能算是产业化经营的雏型形式。
2．契约约束机制。契约约束机制是农业产业化经营普遍采用的主要运转方式。“龙头”企业与基地（村）和农户订立具有法律效力的合同，明确规定各方的责权利，以契约关系为纽带，进入市场，参与竞争，谋求发展。基地、农户接受“龙头”企业的指导，搞好农产品的生产，按合同规定向“龙头”企业交售其产品；“龙头”企业为基地、农户提供服务，按照让利原则保护性地收购签约农户的产品。
这种契约关系能否顺利地延续下去，关键在于能否有效地防止双方投机行为的发生。双方投机行为表现在：“龙头”企业往往以自己的主导地位进行强买强卖，与民争利，甚至损害农民利益。另外，农户的违约现象也时有发生，签约产品谁出高价就卖给谁。这就要求在合同的内容中，对违约的处罚要恰当，使违约者从违约中得不到好处。
3．系统内“非市场安排”。主要包括“龙头”企业对农户的资金扶持，无偿或低偿服务，按保护价收购农户产品。
4．股份合作约束机制。“龙头”企业运用股份合作制吸收农户投资股，使企业与农户以股份为纽带，结成“互利互惠、配套联动”的经济共同体。这样，“龙头”企业演化成为股份合作制法人实体，而入股农户则成为企业的股东和企业“车间”型经营单位，相互依存，共兴共荣。
5．租赁约束机制。一些地方的“龙头”企业将已分给农户的土地返租回来，作为企业的生产基地再倒包给农户经营（即所谓“返租倒包”的租赁方式），成为企业的一个生产车间，生产的产品全部由企业收购。在这里，维系“龙头”企业与农户关系的纽带是返租契约和关于租让土地的农民就业安排协议。