我国目前水环境质量日益恶化，在全国七大水系和内陆河流例行监测的110个国控重点河段中，水质低于《地面水环境质量标准》Ⅲ类水体的河段已占39％，淮河、海河、辽河等水系污染严重，巢湖、滇池、太湖等湖泊污染和富营养化问题严重。为加强国家对环境保护的调控和分类指导，“九五”期间将以治理淮河流域水污染为突破口，重点解决一批环境污染和生态破坏严重、社会反映强烈、已经明显影响当地经济发展和人民生活的流域和地区的环境问题。对水环境治理主要是实施对“三河”（淮河、海河、辽河）、“三湖”（巢湖、滇池、太湖）流域的污染综合防治。这些流域地跨不同省市，所涉地域面积大，治理情况将关系到流域范围内经济的持续健康发展，关系到亿万百姓的安居乐业，是我国水污染防治工作中的重中之重。
（一）“三河”流域的水污染综合防治
淮河流经豫、皖、鲁、苏四省，20世纪80年代以来水污染状况逐年加剧，使淮河从20世纪60年代可“淘米洗菜”的河流、河段变为20世纪90年代的“鱼虾绝代”，严重影响了流域范围内的经济发展和人民生活，并造成了巨大的经济损失。
为了治理淮河，1995年8月8日国务院颁布实施的全国第一部流域环保法规即是《淮河流域水污染防治暂行条例》，明确了治淮的目标，表明了国家治理淮河污染的决心。1996年6月国务院批复实施了《淮河流域水污染防治规划及“九五”计划》，对淮河流域水污染防治工作的阶段目标和防治措施进一步加以明确，确定了优先治理顺序和重点防治区域，规定了总量削减目标要求，从而使淮河流域水污染治理成为“九五”期间全国水污染治理的重点。根据上述“条例”与“计划”的要求，淮河治理的第一个目标是在1997年底实现流域内工业污染企业的达标排放，在此基础上再全面实行污染物总量控制，进一步削减污染负荷，最终到2000年实现淮河水基本变清，淮河干流和主要支流及南四湖、洪泽湖水质达到使用功能标准，不再发生重大水污染事故的目标。
经过沿淮四省政府各部门和广大人民群众的努力，在采取坚决取缔、关停污染严重的小企业、对其他企业限期治理等措施后，到1997年底，全流域工业污染源实现了达标排放，完成了第一个目标。经1998年1月1日“零点行动”的监测表明，淮河干流水质明显改善，总体达到国家三类水体标准，主要一级支流水质也有不同程度的好转。目前进行的工作是在巩固工业污染企业达标排放成果的基础上，加快城市污水处理厂的建设，进一步削减污染负荷，确保2000年淮河水变清目标的实现。
淮河流域的污染综合治理为其他流域水污染治理提供了成功的经验。海河流域是我国水资源供需矛盾最突出的地区，许多河段的严重水污染加剧了缺水矛盾；辽河流域则是七大水系中污染最重的流域之一，有机污染与三氮类污染均达到重度污染水平，重金属污染则已达到中度污染水平。对海河、辽河流域的综合治理，需完成海河、辽河《水污染防治规划》的编制与报批工作。在“九五”期间，海河流域重点治理城市生活污水和化工、冶金、造纸、制药等工业废水，实施工业污染源达标排放计划，并制定水污染防治骨干工程实施方案，发展污水资源化，控制住有机污染物的排放总量，使重点城市河段水质有所提高，缺水矛盾有所缓解。而辽河流域则以治理浑河沈阳段、太子河本溪段的污染为重点，控制住辽河水系污染继续加重的趋势，力争做到不发生大的污染事故。
（二）“三湖”流域的水污染综合防治
太湖流域涉及苏、浙、沪三个省市。太湖水质富营养化日趋严重，国务院已于1998年1月批复了《太湖水污染防治“九五”计划及2010年规划》，依据该规划，1998年底，全流域工业企业（包括乡镇企业）、集约化畜禽养殖场和沿湖的宾馆、饭店排放的废水要达标；2000年集中式饮用水源地和出入湖的主要河流水质达到地面水Ⅲ类水质标准，实现太湖水体变清；2010年基本解决太湖富营养化问题。
巢湖的氮、磷和有机污染指标严重超标，已成为典型的富营养化湖泊。“九五”期间，以合肥市、巢湖市为重点完成治理一期工程，1999年要求达标排放，使全湖水质平均值达到Ⅲ类水质标准，逐步恢复巢湖水体功能。
滇池是昆明市唯一的纳污水体，目前有机污染和富营养化使水质日益恶化，饮用水源水质超标，水域功能严重退化。而滇池又是昆明市重要生态基础和水源，其水质的恶化将直接威胁到昆明市的生存与发展。“九五”期间，要把开展滇池流域的综合整治作为云南省环保工作的重点，1997～1998年通过初步整治，保证了1999年“世博会”的顺利召开，到2000年要基本上控制住滇池污染和流域生态环境恶化的趋势，到2010年要进一步改善滇池水质，恢复流域生态环境。