（一）水环境功能分区是进行水污染综合防治的依据
根据水环境的现行功能和经济、社会发展的需要，依据地面水环境质量标准进行水环境功能区划，是水源保护和水污染控制的依据。如，地面水环境质量标准将水域按功能分为五类：Ⅰ类主要适用于源头水，国家级自然保护区；Ⅱ类主要适用于集中式生活饮用水水源地一级保护区，珍贵鱼类保护区、鱼虾产卵场等；Ⅲ类主要适用于集中式生活饮用水水源地二级保护区，一般鱼类保护区及游泳区；Ⅳ类主要适用于一般工业用水及人体非直接接触的娱乐用水区；Ⅴ类主要适用于农业用水区及一般景观要求水域。
1．原则与方法
划分原则是：集中式饮用水源地优先保护；水体不得降低现状使用功能，兼顾规划功能；有多种功能的水域，依最高功能划类别；统筹考虑专业用水标准要求；上下游区域间相互兼顾，适当考虑潜在功能要求；合理利用水体自净能力和环境容量；考虑与陆上工业合理布局相结合；考虑对地下饮用水源地的影响；实用可行，便于管理。
功能区划分方法：根据因地制宜、实事求是的原则，按实测定量、经验分析、行政决策进行。
第一步搜集基础资料，进行综合调查：①区域自然条件调查；②城镇区域发展规划调查；③污染源调查；④水资源利用现状和分布调查；⑤水质监测状况调查；⑥水利设施调查；⑦区域经济发展状况调查；⑧水污染现状和管理措施调查。
第二步现状评价，综合分析：在掌握资料的前提下，对水环境现状进行评价，预测污染源及污水量的增长与削减，分析各类水质监控断面、点位的实测资料是否合理，是否可靠和有代表性，初步确定功能区划分方案或几种可选择方案。
第三步定量计算：在定性分析确定水体功能区性质和类型的基础上，通过水文特征计算和水质模型建立功能区水质与污染物输入之间的相应关系，进行水质预测，具体划定各功能区的范围或选定最优方案。
第四步行政决策：对功能区水质目标可行性作出评价，若可行，则可由行政部门决策。
2．按功能区控制污染，保护水资源
（1）按水域功能划定保护级别，提出控制水污染的要求 如：特殊保护水域，指国家《地面水环境质量标准》（GB 3838—88）Ⅰ、Ⅱ类水域，对这类水域不得新建排污口，现有的排污单位由地方环境部门从严控制，以保证受纳水体水质符合规定用途的水质标准；而重点保护水域，则是指GB 3838—88规定的Ⅲ类水域，对排入本水域的污水执行《污水综合排放标准》规定的一级排放标准。
（2）按功能区实行总量控制 所谓总量控制是指为了保持某环境功能区的环境目标值，所能容许的某种污染的最大排放量。所以，水环境功能区划是实施水污染总量控制的依据。
（二）制定水污染综合防治规划
1．主要内容与工作步骤
（1）在水环境调查评价的基础上，分析确定水环境的主要问题。
（2）水污染控制单元的划分。根据水环境问题分析结论，考虑行政区划、水域特征、污染源分布特点，将源所在区域与受纳水域划分为一个个水污染控制单元。
（3）提出环境目标，进行可达性论证。全国人大四次会议明确提出了跨世纪的环境保护战略目标，这是提出水污染综合防治目标的依据。环境目标要有主要污染物总量控制目标和水环境综合整治各分项具体目标。对环境目标要进行可达性论证。
（4）确定主要污染物削减量，以及削减比例分配方案。
（5）制定水污染综合防治规划及实施方案。
（6）实施规划的支持和保证。包括：资金来源分析，年度计划的制定，实施排污申报登记及排污许可证制度的建议方案，以及必要的技术支持等。
2．制定水污染综合防治规划必须坚持的几项原则
（1）以经济建设为中心，有利于促进经济与环境协调发展。
（2）以合理开发利用水资源为核心，着眼于全过程控制。通过转变经济增长方式，推行清洁生产，把污染消除在经济再生产过程中。
（3）全面规划、突出重点，因地制宜、讲求实效。
（4）坚持综合整治的原则。对规划方案要进行系统分析，达到整体优化。
（三）实行排污许可证制度，对主要污染源逐步由浓度控制向总量控制过渡
实践证明，在推行这项制度时，一定要结合中国目前的技术水平与管理体制，遵循下列5点要求。
（1）从实际出发确定总量控制目标 当排放污染物的受纳水体的环境容量尚难确定时，可根据国家环保局1995年12月提出的总量控制方案所确定的原则，以1995年主要水污染物的排放总量作为一个目标总量，按所在地区的实际技术经济水平，确定削减比例，分配到主要污染源。
（2）选好发证对象 发放许可证的对象主要是本地区的污染大户，一个城市抓十几户或几十户即可。要经污染源调查评价，选好控制重点。如安阳市提出：抓好2、5、8，控制7、8、9，即分批抓20个、50个、80个污染大户，可控制本市水污染负荷的70％、80％、90％。
（3）控制污水总量 因地制宜进行计量，控制污水总量。
（4）强化发证后的环境监督管理。
（5）重视实践经验不断提高水平 实行排污许可证制度，要先行试点总结经验逐步推广。但也应注意研究实施过程中出现的新问题，如排污指标有偿转让、排污权交易等。
（四）乡镇企业的水污染综合防治对策
乡镇企业的工业废水排放量1997年虽然只有39亿吨，约占全国工业废水排放总量的17.2％，但乡镇企业分布广、与农业生态系统交错在一起，对耕地和河流的支流（或河网）已构成严重威胁，必须尽快进行综合防治。
首先，按产业政策调整产业结构和产品结构，使污染型行业所占比例降至15％以下，到2000年，全部取缔坑式焦炉；全部淘汰开放式炼磺炉；水泥生产不准新建蛋窑、土立窑和2万吨以下的机立窑；淘汰制浆规模30吨/日以下的小造厂等。
其二，乡镇企业要合理布局，与农业生态系统组合成良性循环的复合生态系统。
其三，对小电镀、小化工、小印染等要严加控制。