①大陆东缘的弧形列岛：日本群岛位于中纬度亚欧大陆的东缘和太平洋的西北部，由北海道、本州、四国、九州四大岛和3900多小岛组成，是东亚弧形列岛的重要组成部分。日本群岛轮廓狭长，呈东北-西南向延伸，长达3000km（北海道—冲绳），但东西最宽仅220km。海岸线曲折漫长，约29×103km，平均每12.5km2面积有海岸线1km，由于岛形狭长，与海岸间的垂直距离很少超过100km的。日本群岛主要属于大陆岛，与亚洲大陆有接近性，如从长崎到上海相距仅800km，但从东京到伦敦或旧金山都远隔104km。亚洲大陆东缘、太平洋西北部、弧形列岛的特殊位置，对日本群岛的总体特征带来很大影响。首先，本区位于亚欧板块与太平洋板块的碰撞地带，所以形成了著名的陆缘岛弧海沟体系，地壳变动激烈，火山、地震频繁，地块破碎，有火山国、地震国和断裂国之称。其次，大陆东缘、海陆交接的相关位置，使本区介于大陆与大洋气压中心之间的位置，气压梯度很大，形成易受大陆影响的海洋性温带季风气候，温暖多雨，有梅雨国、台风国和冬雪国之称。再者，特殊的地理位置和地形与气候的综合影响，又使群岛具有洪水国、森林国和渔业国之称。
②山脉纵横，火山广布，地震频繁：日本群岛地壳运动十分剧烈，是环太平洋火山地震带的一部分。山地和丘陵占群岛总面积的75％，台地占12％，平原和低地占13％。富士火山带的富士山海拔3776m，是日本第一高峰，赤石山脉的北岳（白根山）海拔3192m，为日本非火山最高峰。
日本群岛的地形结构，以本州中部的丝鱼川-静冈构造线（又名日本中央地沟带）为界，分为西南日本（南弯山脉）和东北日本（北弯山脉）两大构造地形单元。丝鱼川-静冈构造线大致呈南北向的“S”形，是日本群岛地质上重要的界线。沿此构造线是一深部裂隙或大断裂带，长度约250km，宽约50—60km。断裂地沟带的西侧断层线极明显，山势也高，如飞■山脉、木曾山脉和赤石山脉，统称“日本的阿尔卑斯”，高度多达2500—3000m。断裂带东侧则因有第四纪火山喷出物的覆盖，界线不够明确，大致以关东山脉西麓为界，关东山脉为地垒状山脉，一般海拔2000m，与地沟带西侧的山脉相比，约有1000m的高差。在地层上两侧也有显著差异，西侧山地多为古生层和中生层，东侧山地多为第三纪地层。在断裂地沟带中多新期火山的喷出，形成著名的富士火山带。地沟带中还有许多小断层盆地，如甲府盆地和诹访湖地沟。
西南日本又以三丰州至八代间的中央构造线为界分内带和外带。中央构造线以北为内带，以花岗岩类为主，亦有古生层和中生层的分布，由本州横贯中国达九州北部，包括飞■、木曾、中国、筑紫等山地，主要是断层地垒山地，多呈隆起准平原，飞■山脉的穗高岳（3190m）、木曾山脉的驹岳（2956m）都有冰蚀谷和冰斗地形。中国山脉东西延绵400km，北坡较陡，南坡较缓，海拔一般为1200m左右，能分出三级准平面。中央构造线以南为外带，构成岩石主要为结晶片岩，古生代和中生代的沉积岩。外带包括赤石楔状地、纪伊半岛、四国和九州等中央构造线以南的地区，山地一般海拔2000—3000m，赤石山脉呈楔状，其高峰如北岳（3192m）、盐见岳（3047m）、荒川岳（3146m）、赤石岳（3120m）等都有冰川地貌。纪伊山脉、四国山脉、九州山脉的高度不大，如四国山脉的石钟山，海拔仅1982m。至于濑户内海则是一个断层陷没海浸地带，其中许多小岛相当于露出海面的中国准平原上的残丘，而大阪平原、京都平原、奈良盆地以及琵琶湖等也都位于这条中央构造线上。
东北日本以沿北上川—阿武隈川低地带之西的奥羽山脉东缘和北海道的勇拂低地为界分为内带和外带。根据板块构造观点，奥羽山脉东缘为日本群岛的火山前线，在此线以西的内带岩层较新，下部为绿色凝灰岩带，上部多为新第三系地层，顶部且多火山。奥羽山脉纵贯本州北部，长约400km，为日本最长的一条山脉，是太平洋与日本海水系的分水岭，在地质上与出羽山脉类似，为绿色凝灰岩分布地域，在第三纪地层上喷出有安山岩和流纹岩，与那须火山带重合，高度多在1500m以下。在火山前线以东的外带，岩层较老，为非火山区，如北上山地和阿武隈山地就是纺锤形的古山块，在海拔1000—1200m或800m左右，呈现有显著的均夷面。北海道的日高山脉和北见山脉也属于外带；但夕张山脉和天盐山脉则属于内带。