在释迎牟尼殿的右边跨院是原行宫院，又名水泉院，原来是明代的“听水佳处”，山泉从石缝中流出，潺潺有声。院内建有眼镜池，池水清澈，池上有小桥；南面峭壁有三仙洞，励里塑有佛像。满院松柏翁郁，一片荫给，缀以山石亭台，景色清幽，宜人体憩。夏口山风送爽，品茗其间，更是无穷的乐趣。
金刚宝座塔是碧云寺最宏伟的建筑，在后面的塔院内，塔建于清代乾隆十三年（1748），是仿照西直门外真觉寺的金刚宝座塔而建的，结合了印度和中国的建筑手法，具有民族风格。金刚宝座塔是指印度菩提伽耶城中释迎牟尼悟道成佛处的纪念塔，凡模仿其形式建造的塔均称为金刚宝座塔。碧云寺金刚宝座塔高34。 7米，为我国现有金刚宝座塔中最高的一座，全部用汉白玉石砌成。塔基为高台，有石阶从正面招‘旋而上，可达台顶。塔身建于高台中央，为一方形台座，正面中开券门，门内两侧有石梯自座内上达座顶。座顶上有密檐方塔五座和喇嘛塔两座，正中为一小型金刚宝座塔，小座上又分立两塔。塔身满刻各种大小不同的佛像、天土、力士和龙、凤、狮、象以及各种动植物图案，雕工异常精美，是一座大型石刻艺术品。1925年3月12口孙中山因病在北京逝世，其灵枢曾放在塔内。1929年5月迁葬南京紫金山，他的衣帽则葬于此塔，成为衣冠缘。金刚宝座塔是碧云寺的最高处，站在塔上远眺京郊景色，群山起伏，林木葱翠，秀丽非常，令人心旷神怡。