1993年9月，这8名居民终于从生物圈二号中走出来了，这也许对他们来说是一种解脱，毕竟“与世隔绝”的生活可能没那么美好。
1994年3月，经过短期修整之后，生物圈二号又迎来了第二批居民，共7人。但是在第二次任务期间，由于生物圈内一氧化二氮（N₂O，俗称笑气，有麻醉作用）积累过多以及项目管理问题，任务不到一年便匆忙结束了。实验再度以失败告终。从此，再也没有人在“迷你地球”上过日子了。
1994年6月，生物圈二号的管理公司解散，其管理工作先后被移交给哥伦比亚大学和亚利桑那大学，用于科学项目研究。
从最初的媒体宠儿到后来被批“伪科学”，生物圈二号仿佛经历了天堂到地狱的两重天。科学舆论界对生物圈二号的批评主要有：作为一个生态系统，它和外界真正的生态系统不能同日而语，如土壤是非自然的；野生动植物数量远远减少，尤其只剩下蚂蚁和蟑螂等几种动物。此外，这个迷你生物圈的封闭也是不完全的，电力、信息、药品等要从外界输入，作为一个超大温室又太暗了，维持费用太高。
而支持者则说，它是成功的，是我们太空探索的一项伟大实验。在严格的科学评估中，生物圈二号也许是失败的，但它给了我们很多启示。比如，生物圈二号实验中发现的内部几大重要生命元素如碳、氮、氧循环的不平衡，为以后的太空城探险提供非常难得的资料；它证实了人类能够通过高科技的手段在任意恶劣的环境下创造出适于生命生存的空间；它也揭示了生物种群之间的竞争、互利、协调发展等关系是人工所难以改变的。
生物圈二号可作为地球的一个缩影来思考。地球面临的环境污染、全球气候变化、生物多样性丧失等问题，其后果可在生物圈二号的实验中看到或体验到。像生物圈二号这样类似地球工作原理的人工生态系统内部生物面临的问题，同样可能会是我们地球人类所要面对的。
今天，生物圈二号已经是一个旅游景点，供游人参观。如果你有机会去美国的话，说不定还能亲眼看看这个全球最大的生态实验室。