海洋有很强的自净能力，但是这种自净能力是有限的，进入海洋的废物超过海洋自净能力时，海洋就会遭受污染。因此，对海洋生态环境必须不断加以治理和保护。我国沿海地区在经济建设和海洋开发中也会产生大量废水、废物，通过不同方式排放入海，影响海洋环境。目前，我国沿海地区每年排放入海的污水约90亿吨，这些污水中的主要污染物是营养盐、油类和重金属；港口和航道建设每年有8 000～10 000吨疏浚物倾倒入海。海上油气资源勘探开发和船舶事故，也有可能造成海洋环境的污染。我国十分重视海洋环境保护工作，逐步建立了海洋环境保护机构和海洋环境保护法规体系，社会各界保护海洋的意识和法制观念不断增强，海洋环境保护事业不断取得新进展。
（1）海洋保护法制建设。我国政府在1985年11月加入了《1972年伦敦公约》，后来又加入了《生物多样性公约》。1996年5月15日，全国人民代表大会常务委员会正式批准《联合国海洋法公约》，这标志着我国海洋工作已与国际接轨。
1982年，我国颁布了《中华人民共和国海洋环境保护法》。这是我国保护海洋生态环境的基本法律，对防止海岸工程、海洋石油勘探开发、海上船舶航行、废物海上倾倒、陆源污染物损害海洋环境等作了法律规定。此后，我国政府又相继颁布了一系列与海洋环境保护有关的行政法规，以及10余项政府各部门制定的海洋环境保护规章和海水水质标准等，形成了比较完整的海洋环境保护法律体系和技术规范。国家有关部门还制定了海洋环境保护规划和计划，以及湿地保护、生物多样性保护等专业计划。
我国已建成海洋环境监测网，包括在港口、河口、排污口设立了242个监测点，在海上设立了232个监测点，覆盖50万平方千米海域。我国还组建了海洋监察执法队伍，国家海洋局拥有4个海监大队，1个“中国海监”航空队，23艘海监船，2架海监飞机，12艘调查船，12个锚定资料浮标和50个海洋监察站，对重点海区、航道、海洋石油开发区、海洋倾废区、主要渔场及陆源排污口进行经常性监视监测，对船舶排污、石油平台井喷溢油及赤潮灾害进行应急监视和取证，对一些污染较重的海域及时进行综合治理。同时还在大连湾、锦州湾、胶州湾、长江口、珠江口等重点海域开展了环境管理和海洋倾废、石油勘探开发和海底电缆管道铺设的管理，建立起保护海洋环境、海洋资源的举报制度，基本上制止了随意在海上乱倾废的现象，维护了水质良好的大面积海域。
（2）控制陆源污染。我国在控制陆源污染方面建立了一系列制度，加强重点排污口的监测、监视和管理，取得了重要成果。1980年至1990年，沿海地区工业和城市污水排海量年均增长率控制在3%左右，低于全国工业污水年增长7.9%的水平。沿海大中城市还不断调整工业布局，加强技术改造，开展三废（废气、废水、废渣）综合利用，对污染严重的企业限期治理或关、停、并、转、迁，并建设了一批污水处理厂，控制新污染源，减少了陆源污染物入海量。为防止船舶和港口污染海洋，各类船舶均按规定装备了油水分离装置，编制了《船上油污应急计划》。港口普遍建设了含油污水接收处理设施和应急器材，每年处理船舶含油污水370万吨，回收废油4.2万吨。为了防止海上石油开发对海洋环境的污染，钻井船舶全部配备了油水分离器和污水处理装置，各油田都配备了围油栏、化学消油剂，以及溢油回收船。海上油田还普遍制定了“海洋石油勘探开发溢油应急计划”。
（3）海上倾废管理。作为《1972年防止倾倒废物及其他物质污染海洋的公约》（《伦敦倾废公约》）的缔约国，我国重视执行该公约的规定，并不断加强对海洋倾废的管理。到目前为止，我国已建立了34个三类疏浚物倾倒区，4个空中放油区，签发倾倒许可证近2 000份。同时，大力加强倾倒区的环境质量监测工作。我国严格禁止在海上处置一切放射性物质，逐步停止海上倾倒工业废物，禁止工业废物和阴沟污泥在海上焚烧。