在改革进一步深入的形势下，我国海洋产业发展迅速，海洋经济地位显著。但是，应该清醒地看到，我国海洋开发与环境保护确实存在许多问题，成为海洋产业可持续发展的制约因素。
（1）“海洋国土”意识淡薄。多年来，我们的宣传媒介在讲到我国国土面积时，往往只讲960万平方千米的“陆地国土”，而很少讲我国还有300多万平方千米的“海洋国土”，或根本忘记了还有“海域”这一重要概念。1998年5月29日，国务院新闻办公室正式发表了《中国海洋事业的发展》白皮书，庄重宣布，中国960万平方千米是“陆地国土”，明确表示还有“海洋国土”，意义是重大而深远的。但是，当前不少科普书籍、教科书和参考辞书仍有许多概念上界定不清或含混的地方。
（2）海洋法制不健全，管理体制不顺。我国海上执法队伍比较分散，执法力度不够。一些部门和单位无视海域属国家所有的基本原则，擅占海域，使国有资产和自然资源流失。许多地方将国家海域资源视为私有，归集体或个体经营。更有甚者，当国家建设需要使用时，却又向国家索取巨额经济补偿，使国家蒙受损失。有的地方争占海域，如浅海养殖，侵占航道，影响航行安全。海岸工程缺乏环境影响评价，破坏生态环境。养殖占用盐田，有的地方开发利用违背自然规律，使资源与环境遭到损害，如占滩采沙、盲目建筑、酷渔滥捕，使海洋生物大幅度减少。
（3）海洋环境污染日益严重，赤潮发生频率高，近岸生态保护力度不够。由于历史造成的原因，海洋开发基础薄弱，基础设施十分落后。海洋开发科技力量薄弱，技术储备不足。对一些关键技术的开发投入少，和世界先进水平比较相对滞后。如加工保鲜、勘探开发等均不能适应需要，制约了资源的深度开发，以致造成粗放经营、开发过度、污染严重等问题。基础设施方面，港口建设发展较快，但各自为政，布局不合理，利用率不高；海上环境观测点少，仪器设备简陋，手段落后，海上救捞指挥系统不健全。近岸污水处理工程投入少，进展缓慢，加上陆源污染不断增加（特别是生活污水大量增加），使近海污染面临严重的局面。沿海防护林垦伐严重，海防堤防年久失修，毁坏严重，大大影响防灾抗灾能力的维护。
针对我国海洋和环境保护存在的诸多问题，我国的海洋科学家从国情出发，提出以下几点建议。
（1）加强对海洋环境保护和海洋国土的宣传。要利用各种宣传媒介教育人民不仅要着眼于960万平方千米陆地国土，而且要认真对待300多万平方千米海洋国土的疆域。牢固树立蓝色国土观念，在用好960万平方千米陆地国土的同时，加快开发依据《联合国海洋法公约》规定范围的、我国可以利用的海洋专属经济区。
（2）加强海洋法制建设和综合管理。建议加强海洋和环境的综合管理，将分散的管理改为集中协调管理。科学区分近海的海区功能和近岸区划。为保证海洋资源有序开发利用，必须依法制海，用法律调整开发利用中的社会经济关系。海洋可持续发展的法制建设，绝不只是制定或修订几部环境或资源保护的单行法，而是一个海洋法体系，包括综合性的国家海洋法和其下各层次的法律法规。我国现行的海洋法律法规不仅数量少，而且彼此间的衔接、协调性不强。为推动海洋开发顺利发展，要在政府规划指导下，加速海洋立法进程，协调各法律法规关系，逐步形成、发展和完善我国海洋法律体系，以保证规范海洋综合管理等各项工作。执法方面，建立一支统一的海上执法机构和队伍，改变过去依行业分级管理、分部门执法管理的混乱现象，充实执法队伍力量，加强执法人员思想教育和法制观念，提高政治业务素质，秉公执法。
（3）加快海洋和近岸环境污染的治理。建议政府有关部门应联手合作，从加强基础研究入手，弄清海洋赤潮的发生规律和发展趋势，防患于未然，使赤潮和海洋污染问题得以顺利解决。