除上述七大江河外，浙、闽片的水质较好，仅少数河段存在污染。符合一、二类标准的占63%，符合三类标准的占25%，属于四、五类标准的占12%。主要污染指标为氨氮。
我国内陆河流的水质在天然情况下，个别河段的总硬度和氨离子含量偏高。但受人类活动影响的河流只限于绿洲及其以下河段，山区的河段除个别邻近城市的河段外，大都情况较好。符合一、二类标准的占61%，符合三类标准的29%，属于四、五类的只占10%。
中国是世界上水土流失最严重的国家之一，全国水土流失面积367万平方公里，占中国国土面积的38%。近年来，国家每年投入1.2亿元，各地投入2亿多元，但每年治理面积仅3万平方公里，而新的水土流失仍不断发生。许多地区的治理速度还赶不上破坏的速度。
水土流失严重地影响土壤的肥力，使土地生产力下降，甚至丧失。中国每年流失泥沙约 50亿吨，相当于全世界 600亿吨的 1/12，其中耕地表土约占 33亿吨，相当于每年从全国耕地上刮去1厘米厚的表土。据测定，仅黄土高原每年因水土流失带走的氮、磷、钾元素就达4 000万吨，相当于全国每年生产的化肥总量，折合经济损失24亿元。
水土流失使河流中的含沙量大大增加。我国的河流以高含沙量著称于世。全国平均每年进入河道的悬移质泥沙约35亿吨。在全世界的大河中，中国的黄河和长江的输沙量分别为16亿吨和5亿吨，占第一位和第四位。黄河平均每年约有7亿吨泥沙沉积在干流河道、三门峡水库及灌区内。其中淤积在三门峡水库以下河道内的泥沙约2.6亿吨，使河床每年平均升高10厘米，1949年以来，黄河下游的大堤已经加高了三次，高出地面，成了著名的“悬河”。高出地面最大的地方已达11米，给防洪工作带来很大的困难。长江平均每年也有2亿吨泥沙淤积在宜昌以下的干流河道、支流和沿江湖泊内。河流泥沙的淤积不但降低了河道的行洪能力，也缩短了水利工程的寿命。
2.湖泊水的污染
除了河流外，污染物已经进入了号称大地明珠的湖泊。在已被污染的湖泊中以太湖、滇池和巢湖最为严重。此外，许多湖泊的富营养化也严重地困扰着人们，极大地妨碍着水资源的有效利用。
太湖是中国的第三大淡水湖，水面面积为 2 400多平方公里，流域总面积36 500平方公里。太湖水美在于清、静、幽、奇，留鸭禽、润茶桑、藏白虾银鱼。但如今，几乎所有的通向太湖的河道，都成了乡村居民天然的倾污沟，河道多年没有清污，淤泥已深达1米多。
从80年代初至今，太湖的水质呈明显的下降趋势，全湖平均由原来的一类水为主，已蜕变为以三类为主。富营养化程度加重，使太湖近几年大面积蓝藻爆发。1995年7月，无锡市梅园水厂蓝藻堵塞取水口，水厂被迫关停数日，1/5的居民为之断水。
太湖的鱼类达60多种，银鱼、白虾、梅跻鱼为“太湖三宝”，尤其是银鱼，一直是江苏省水产品出口创汇的当家产品。现在一个小时才能捉到几条。
近年来太湖的旅游业发展很快。以无锡为例，1985年旅游业营业额为600多万元，到了 1995年，已上升到 2 300多万元。然而，包括旅游在内的许多活动严重破坏了太湖的生态环境。反过来太湖的水体污染又影响着太湖的旅游业。
从江苏省环保部门提供的资料表明，太湖地区工业污染源废水排放量占废水排放总量的1/3，而造成太湖富营养化的主要污染物质总氮和总磷，来自工业的分别占33%和12%。而总氮有29%来自农田和生活消费，总磷来自城市、城镇生活污水的竟高达62%。
太湖是如此，其他湖泊也有类似的情况。全国的湖泊面积正在逐渐缩小，据统计表明，我国30年间湖泊大量减少，仅面积在1平方公里以上的湖泊就减少了543个。号称“千湖之省”的湖北省， 1950年有湖泊1066个，现已减少至325个，水面缩小了3/4以上，而且还在继续缩小之中。