2.黑河流域
黑河是我国较大的内陆河之一，河流全长821公里，流域面积13万平方公里，位于河西走廊地区的中部。黑河发源于青海境内的祁连山区，北流出山后经张掖-高台盆地，穿越北山正义峡，再经鼎新盆地进入内蒙古额济纳地区。内蒙古境内的黑河称额济纳河或弱水，在青山头狼心山以北分为东、西两支（东河、西河）：西河注入嗄顺诺尔；东河（又称纳林河）在狼心山以北60多公里处分为两支，西支为现代河床，水流注入苏古诺尔，东支早已干涸，曾是古居延绿洲的水源通道，并最后注入古居延泽。额济纳绿洲是黑河下游以天然绿洲为主的绿洲，主要分布在内蒙古额济纳旗东部的古日乃湖盆地，现代额济纳河两岸和东、西居延海周围，生长着成片成带的由乔木、灌木和草类组成的天然河（湖）岸林，由黑河的冬闲水和夏秋季洪水孕育和灌溉。解放后的近50年来，由于中游地区人口增加和灌溉面积扩大，引水和耗水都大幅度增加，使近20多年来黑河经正义峡下泄的水量，比50年代减少了12%左右，并使水量年内分配发生改变，夏秋季断流时间加长。据不完全统计，50年代初期，黑河中游张掖和酒泉地区的人口不足70万人，灌溉面积约160万亩；现在人口增至140万，灌溉面积发展到370万亩，分别增加了1.0倍和1.29倍。60年代黑河进入额济纳地区的实测水量为4.5亿立方米，90年代初期减至不足2.5亿立方米，1991年只有1.83亿立方米。额济纳地区入境地表水源的减少，首先使黑河尾端湖之一的嗄顺诺尔于1961年干涸；苏古诺尔在1973，1980，1986年的枯水年数次干涸，并于1992年完全干涸，变成了一望无际的白茫茫的盐碱滩。地表水源减少继而使境内地下水的补给来源减少，地下水位下降，近几年来西河区建国营北部地区下降了2～3米，东河区达兰库布以北地区下降了0.5～1.0米，沿河三个苏木1988～1993年的5年间，地下水位平均下降1.06米，年平均下降0.21米；沿河1548眼井，有1018眼井干涸或水质恶化而不能使用；地下水矿化度普遍升高，一般为1克/升，高者达2～3克/升，严重地影响了当地居民身心健康和畜牧业的发展。地下水位大范围、大幅度下降，使大片植物枯死，草场退化，天然绿洲萎缩，大面积土地沙漠化。
黑河下游额济纳地区生态环境恶化的根本原因，亦是地表水源减少和不足，已经引起社会和国家的高度重视。国务院有关部门为解决上下游分水矛盾，也已初步制订了分水比例，成立了黑河流域水资源统一管理机构，并规划修建几项较大的水利工程，以保证额济纳地区能够得到应分得的水量。为此，在治理和防止额济纳地区生态环境恶化方面应采取下列途径：第一，根据黑河流域历史和现在的用水情况及水资源变化趋势，由上级政府部门主持甘肃与内蒙古之间的分水工作，并用法律和法规形式固定下来；第二，尽快成立和启动跨省（区）的黑河流域水资源统一管理机构，负责按分水协议科学地、统一地管好流域水资源，监督和协调分水情况，避免和解决省（区）间的水利纠纷；第三，额济纳地区要根据所分得的水量，合理利用和配置水资源，按照生态环境保护和治理的需要，修建必要的小型控水和分水工程，对水源进行人为干预，使天然绿洲向高效的人工绿洲转化，使社会效益、经济效益和生态效益和谐统一；第四，深入研究额济纳地区生态环境恶化情况及其演变趋势，制订长远的生态环境保护和治理规划，划定主要和次要等不同类型的生态环境保护区，根据水资源承载力与主次地位，首先保护和治理应该和能够保护和治理地区的生态环境。
3.疏勒河流域
位于河西走廊的西部，干流全长580多公里，水系主要由发源于祁连山西段北坡的白杨河、石油河、昌马河、踏实河、党河与安南坝河等支流组成。干流发源于祁连山讨赖掌的西侧，西北流至花儿地折向北流，经疏勒峡进入昌马小盆地，称昌马河；继续北流再转向东北，穿越面积达3 870平方公里的巨大昌马洪积-冲积扇东缘，在玉门镇以下始称疏勒河；然后在黄闸湾改向西流，过双塔堡汇踏实河，经安西城北与西湖，至八道桥纳党河，最终注入哈拉湖。哈拉湖早已干涸，留下的是大片盐碱滩地。疏勒河流域水土资源丰富，流域水资源总量为17.5亿立方米，有宜农荒地189万亩，开发利用程度不高，径流利用率仅42%，灌溉面积只有65.4万亩，农业发展潜力很大。甘肃省政府已决定利用世界银行贷款从1996年开始建设疏勒河流域农业综合开发及移民安置项目，通过修建山区水库，与流域原有水库联合运用，改建和新建灌排体系等一系列水利工程，把灌溉面积提高到147万亩和安置20万移民。疏勒河流域的土地质量较差，含盐碱重，在开发利用过程中，除注意土壤盐渍化的防治外，更需要对下游地区的水质和土地沙漠化等生态环境变化进行防治和监测，以便取得确实的信息和情报，指导和修正开发计划，避免不应有的生态环境损失。