物种命名（学名）沿用林奈1753年倡议的双名法，并使用拉丁文以避免词义发生变化和误解。双名即属名加上种加词（种名），例如草棉（棉花）的拉丁文学名是Gossypium herbaceum L。第一字是棉属的名称，属名一律是名词，第一个字母必须大写，第二个字是种的名称，意为草质的。种加词多为形容词，第一个字母小写。有时因纪念某些学者而以其姓氏命名，如虎榛子Ostryopsis davidiana的种名意为大卫氏的，这种情况下第一个字母曾经大写，近来也采用小写。学名最后是定名人，L即林奈的缩写。如某分类学家将属名定错，后经别人改正者，则保留原来种的命名，只更换属名，并将原命名人加括号附于种加词之后，如Keteleeria fortunei（Murr.）Garr.是油杉的合法命名。变种在种加词后加var.（variety的缩写）及变种加词，如大果山楂Grataegus pinnatifida Bunge var.major N.E.Brown。属名和种名均为斜体字，姓名则正体书写。
三、界和门的划分
很久以来生物被分成动物和植物两界。动物能移动，以动、植物为食物，器官有限生长，而植物与其正好相反。植物界曾划分成菌藻植物、苔藓植物、蕨类植物和种子植物四门，其中菌藻类称为低等植物，另外三类因有胚形成，称为高等植物（有胚植物）。后来将低等植物分成细菌、粘菌、真菌、藻类和地衣五门，也有人又将藻类细分为蓝藻、绿藻、硅藻、黄藻、甲藻、金藻、眼虫藻、褐藻、红藻九门。种子植物被划分为裸子植物、被子植物两门。种子植物以外统称孢子植物。
近年来显微技术迅速发展，人们对细胞结构认识深化，因而提出把没有细胞核和其他细胞器结构分化的细菌和蓝藻单列成一界原核生物界（prokaryotae），其他生物合为真核生物界（cuka-ryotae），或者进而把后者再划分成植物与动物两界，即新二界说和三界说。Whittaker（1969）则把真菌升为界级，真核型的单细胞生物（包括单胞藻和原生动物）自成一界（protista），共分五界，亦有主张将单胞藻与原生动物再分开的六界说。
以上各种分界意见虽各有依据，并未取得公认，在生态研究中更普遍的是把生物分成植物、动物和微生物三大群。微生物中包括各种需要借助显微装置才能识别的单细胞或无细胞结构的有机体，如细菌、放线菌、病毒、粘菌、真菌中的酵母菌和霉菌、单细胞藻类和单细胞动物。据此，植物包括高等植物、一些多细胞藻类和大型真菌（按五界说真菌则被排除在外）。
植物地理学主要从宏观角度审视植物，所研究的对象以种子植物为重点，但在群落研究中也要涉及蕨类、苔藓和地衣（甚至大型真菌）。
由于微生物中原属传统植物概念的类群与高等植物关系密切，来书仍将分别予以讨论，并讲述它们在生物进化中的地位。