日本群岛季节变化明显。冬季气压形势西高东低，盛行西北季风，因与大陆高压间的气压梯度大，平均差36mb，最大差80mb，加上与西风急流一致，故冬季风比夏季风强，气温较低，南北温差较大，受冷海变性西伯利亚气团和对马暖流的影响，里日本（日本海侧）冬有大风雪，冬季三个月的降水量可达750mm，超过夏季。表日本（太平洋侧）因吹干冷的越山风，相对湿度小（65％），日照时间长，故晴朗干爽。春季为冬季风和夏季风的过渡期，天气多变，东西两岸间的气候差异逐渐消失。樱花开放时期为入春的标志，九州为3月30日，北海道南部为4月30日。6月后，日本开始有1个月的梅雨期，（西南日本、中部日本始于6月11—14日，本州北部、北海道最南端始于6月23—24日，大部分北海道始于6月30日至7月1日），这个时期，“西高”后退，鄂霍次克海高压渐强，鄂霍次克海冷凉气团南下，以东北风吹入日本。与此同时，南方的小笠原高压带也逐渐形成，热带小笠原气团也向日本推进，与鄂霍次克海气团之间，形成低压槽（即梅雨锋），在日本南部交绥，形成宽约300km的锋面，在这里冷暖气团相交，形成浓雾、细雨天气，即日本的梅雨期，云量和降水量的迅增，日照时间减少，为“入梅”的标志。在梅雨期平均云量为70—80％，最高可达88％，相对湿度最高可达87％，在一个月的梅雨期内的降水量，南九州为400mm，北九州、南四国、纪伊半岛和中国西部为300mm，本州南部为200mm，北海道大部在100mm以下。梅雨是日本南部主要降水来源之一，约占南部地区年降水量的20—30％，如鹿儿岛即占34.5％。梅雨锋面北移后，日本进入夏季，全境受北太平洋亚热带高压影响，气压形势南高北低，小笠原气团笼罩日本，盛行东南季风，加上黑潮暖流和山地地形的作用，使整个夏季温度高，湿度大，台风、雷雨和地形雨多，南北之间和东西之间的气候差异缩小。真夏日数（最高气温≥30℃），南方的名濑为92天，那霸为83天，中部的京都为69天，东京为47天，北部的札幌为9天。因温度高，湿度大（相对湿度80—90％），气流不稳定，午后2时，常出现雷雨，以8月为最多。8—9月，北太平洋台风常袭日本，带来大量降水。夏末以后，气温下降，小笠原气团减弱，从北方来的东北气流，将小笠原气团逐渐推到九州南部，形成寒暖交绥的锋面，导致了秋雨。和梅雨期的降水首先集中在日本的西南部不同，秋雨则主要集中在北部和里日本地区，如北海道各地几乎都是9月份多雨（如稚内9月降水量为151mm，占全年的12.3％）。秋雨期最重要的特征之一是，由于台风与秋雨锋面的互相影响，从而加剧了秋雨的强度，日本9月的台风与7月、8月的台风相比，由于秋霖锋的活动，使其风速和降水量都比较大，暴雨也大，使日本灾害性台风多发生在9月。10月10日左右秋霖锋退出后，日本进入天高气爽的秋季，气温较春温稍高，落叶树的树叶变红是入秋的标志，完全落叶则已入冬。
日本群岛年内有三次降水高峰：6月中旬至7月中旬细雨连绵，为梅雨期，属西南日本型；9月多台风雨和秋雨，属东北日本型；冬季风降雪区属于里日本型。日本是同纬度积雪量最大的国家，面向日本海的沿岸低地，平均最大雪深可达1m，高田绝对最大雪深曾达3.77m。
黑潮暖流和亲潮寒流是对日本气候有明显影响的两大性质不同的洋流。黑潮以其水温高，盐度重，透明度大，水色深蓝而得名，它来自北赤道流，流经台湾岛以东，夏季表水温度30℃，至日本南方海域为28℃，比同纬度太平洋东岸水温高10℃左右。从台湾以东海域至本州东端的犬吠埼（35°N）以东海域之间为黑潮主流，平均深400m，最大流速3kn（1kn＝1n mile/h），潮岬附近黑潮流幅为90—100km，水深1000m，流速3.1—5.5kn，100m以浅的水温为20℃，透明度为20—45m，流量为63×106m3/s，约当亚马孙河流量的600倍。黑潮至犬吠埼以东海面因与从北来的亲潮寒流相遇，形成大规模的“潮境”（即寒暖流相汇的海域），这里亲潮潜流流到黑潮表层之下，使黑潮变浅，称为黑潮续流。它流到150°E以东即转为北太平洋暖流。日本南部的室户岬、潮岬和足折岬一带的亚热带植物（如桫椤、苏铁）的发育与黑潮的影响有一定联系。黑潮暖流的一个分支（对马暖流），经朝鲜海峡入日本海，沿日本西岸向北推进，然后穿过津轻海峡与亲潮相汇。冬季盛行西北季风时，对马暖流对变性西伯利亚气团的下层有增温增湿促其不稳定的作用，使里日本冬季降水量大，但西北季风越山东下后，却减少了黑潮对表日本的影响。亲潮来自白令海和鄂霍次克海，为富含浮游生物的低温绿色洋流，因多海藻和鱼类资源，有幸于人们生活，故日本称之为亲潮，但北海道、三陆沿岸也能受它的冷害。亲潮源流的海域，因受融冰影响，盐分低（33—33.5‰），表层水温年内为1—19℃，100m深度以下为2℃。南下的亲潮，夏季从北海道的纳沙布岬的南方分为数支，在从37°—40°N附近的三陆海域，遇黑潮续流，在金华山以南形成亲潮潜流，时速达1kn，因为冬季潮境强，其先端可到犬吠埼附近。夏季，东北日本东岸包括北海道东部，因受亲潮影响气温低降水少，加上东北风的作用，使这里多阴天、浓雾和冷害。
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