本地区包括中美地峡和西印度群岛两个自然地理区。它们处于北美大陆与南美大陆的过渡位置。构造上与北美洲科迪勒拉山系有联系，地形以山地为主，并代表着地壳活动地带，但在气候和自然景观方面，则更接近南美洲的北部，体现着热带湿润的特征。此外，区内还都存在向风的东北部（热带常绿林）和背风的西南部（热带草原）之间的显明对比。这两个自然地理区的划分，首先在于前者是地峡，后者为群岛，因而动、植物区系的形成和发展就有所差异，这在现代动、植物的种类成分上得到反映；其次，群岛的地理位置，导致其气候的热带海洋性特征较之地峡区体现更为充分。
1.中美地峡 本区位于墨西哥高原的东南，狭窄的陆地呈西北-东南走向，连结着北美与南美大陆，两侧分别濒临太平洋和大西洋的墨西哥湾、加勒比海。本区大部分被崎岖的山地所据。在尼加拉瓜湖及其东南圣胡安河所流经的低地以北，称北部高地，构造方向呈东西向，海拔1500—3000m，在中生代末曾经历褶皱、断层、抬升和岩浆侵入等剧烈变动、新生代又发生大规模火山活动，地面广布火山喷出物，太平洋沿岸一带火山林立，海拔2000—3000m，危地马拉西部边境的塔胡木耳科火山海拔4211m，为中美地峡的最高点，向着加勒比海方向，火山喷出物逐渐变薄，出露着下伏岩层的褶皱和断层构造，形成一系列陡峭山脉，间以东西向谷地。尼加拉瓜湖、圣胡安河一线以南，称南部高地，构造方向改为西北-东南向，表现为两列与太平洋岸平行的山弧，系中新世以后褶皱、岩浆侵入和火山活动的产物，西为塔拉曼卡科迪勒拉山（Talamanca），东为圣布拉斯科迪勒拉山（SanBlas），并耸立着一系列火山锥。太平洋沿岸由于山地紧逼，沿海平原狭窄，海岸平直；墨西哥湾沿岸宽度较大，突出于墨西哥湾与加勒比海之间的尤卡坦半岛为一低平的石灰岩台地，岩溶地貌分布很广。
本区南北介于北纬8°—20°N之间，常年盛行东北信风，并因陆地狭长，面临海洋，沿海有暖流，所以气候一般以高温多雨为特征。气温终年很高，除山地外，年平均气温一般在26℃以上，冬夏温差不大。区内降水的分布，主要受制于风向和地形因素。面向加勒比海的东北地区，年降水量在2000mm以上，季节分配比较均匀，具有热带海洋性气候特征。反映在自然景观上，这里以热带常绿林为主，发育了红壤和砖红壤，林木郁闭，主要由棕榈科植物以及桃花心木、花梨木、苏芳木等组成。面向太平洋的西南地区，因处于东北信风的背风位置，年降水量减为1000mm左右，并有多雨的夏季与少雨的冬季之分，故属热带干湿季气候。相应的自然景观是发育于红棕色土上的热带半落叶林或热带稀树草原，在干季特别长的地区，还出现旱生灌木林。
在地形和气候的综合影响下，本区在水文上具有河网稠密、水量较大、河流短促、急湍的特点。
2.西印度群岛 本区包括大、小安的列斯和巴哈马三大弧形岛群，位于佛罗里达半岛以南。中美地峡以东和南美大陆以北。大安的列斯群岛属大陆岛，面积较大，由古巴岛、海地岛、波多黎各岛、牙买加岛等组成。除古巴岛有较大平原外，各岛多为山地盘踞，属内华达-拉拉米造山带，构造方向与中美一致，山脉多呈东西走向，如古巴岛的马埃斯特腊山，海地岛的四条平行山脉，牙买加岛的中部山脉，波多黎各岛南半部的山脉。海地岛中部的杜亚尔特山，海拔3175m，为西印度群岛的最高峰。小安的列斯群岛主要包括位于加勒比海东缘的背风、向风群岛和位于南缘委内瑞拉近海的众多岛屿。东缘的背风群岛和向风群岛分为内外两列：内列主要由上新世—更新世喷发的火山锥构成，地势高峻；外列主要由石灰岩构成，地势低平。两列岛弧自多米尼加岛以南，合为一股。南缘诸岛属大陆岛，系南美洲安第斯山北段支脉的延续。巴哈马群岛是在海下石灰岩浅台上成长起来的珊瑚礁岛，在构造上与佛罗里达半岛有联系。
西印度群岛的气候和自然景观与中美地峡区有类似的特征，也存在着向风的东北部与背风的西南部的区内变异规律，而其作为群岛的地理位置，导致热带海洋性体现更为充分。群岛南北介于 10°—27°N之间，终年受东北信风控制，沿海为暖流环抱。年均温一般为 25—26℃，最热月出现在8月，气温的年较差比中美地峡区小。面迎东北风的山地东北坡，年降水量可达2000mm以上，属热带海岸性气候，发育了比较茂盛的热带常绿林和红壤-砖红壤，多棕榈科植物和木本的真蕨。背风的山地西南坡，年降水量1000—1500mm，全年有一少雨季节，依降水量多寡和少雨季节的长短，植被类型分别为热带半落叶林、热带稀树草原和热带灌丛，土壤以红棕色土为主。