在本地区内，因自然条件差别较大，各地所分布的森林树种也有明显的区别。例如四川盆地南侧的山地，海拔1800（1500）米，主要常绿阔叶树为栲、刺果米槠、瓦山栲、峨眉栲、苞石栎、四川大头茶、华木荷、大苞木荷、润樟、油樟等。针叶林以杉木、柳杉生长良好。盆地北沿山地常绿阔叶林，一般在海拔1300米的山地黄壤地段，主要树种为苞石栎、青冈、细叶青冈、华木荷、多穗石栎、猴樟、黑壳楠等。此类森林破坏后，多为马尾松林、巴山松林、柏木林和麻栎、栓皮栎所代替。
（2）幕阜山地区。本地区的森林植被以常绿阔叶林为主，垂直分布也很明显。在海拔800米以下，大部分是马尾松和竹林；在沟谷中有钩栗、大叶青冈、云山椆、青冈栎、栲树、黑壳楠等，并混生有红豆杉、穗花杉等。在海拔800～1200米之间，主要是黄山松，其次是锥栎、化香、枸树、鹅掌楸、椴树、四照花、槠等。在海拔1200～1400米之间，主要有白檀、杜鹃、海棠、野山楂、四川冬青、红果钩樟、水马桑等灌木丛。经济林木以油茶为主，油桐次之。
（3）武夷山地区。本地区为典型的常绿阔叶林地带，但原生的常绿阔叶林大部分被破坏，目前大面积分布的为杉木林、马尾松林及竹林。
本地区植物成分复杂，组成种类以甜槠、木荷为代表。常见的阔叶树为苦槠、青冈、石栎、栲树、南酸枣、枫香、红楠等。渐向西南，树木组成种类逐渐增多，更多地出现黧蒴栲、南岭栲、罗浮栲、泡花、润楠等喜温热的常绿栲、楠树种；并有以栲树、钩栗、云山青冈为主的常绿阔叶林。伴生树种有米槠、乌眉栲、少叶黄杞、猴喜欢、山杜英、华杜英、深山含笑、华南樟以及水青冈、南酸枣等。
在丘陵山地，大面积分布着马尾松、映山红群落以及马尾松、杉木及各种阔叶树混交林；并有油茶、油桐、茶、果树等经济林。在山区，有大面积的杉木林、毛竹林、各种阔叶林以及杉、松、毛竹等混交林，柳杉也有分布。800米以上山地有黄山松林，山顶上部为灌木林。
本地区有大量珍稀及珍贵用材树种，如百山祖冷杉、华东黄杉、福建柏、白豆杉、长叶榧、连香树、鹅掌楸、钟萼木、香果树、长柄、双花木、福建青冈栎、格氏栲、观光木、石梓、南方铁杉、江南油杉、华西枫杨、长序榆、领春木、凹叶厚朴、天女木兰、花榈木、红花香椿、银鹊树、天目紫茎、银钟树等等。