所谓学科体系，是指一学科内部的分支系统。经济地理学在百余年的发展中，形成自身科学体系。根据研究对象的不同，经济地理学具有如下分支学科（图1—2）。
（一）通论经济地理学
通论经济地理学是经济地理学理论层次最高的一个分支。它把经济活动作为一个整体，研究其区位、空间组织及其与环境关系的一般原理。如各有关自然条件和社会经济条件对经济活动的影响分析，经济活动的区位分析，区域经济发展的一般规律，经济地理学研究的思维方式和技术方法，经济地理学发展趋势，等等，均属于通论经济地理学研究的主要内容。
（二）区域经济地理学
区域经济地理学是经济地理学历史最悠久的分支。记述阶段的经济地理，多以区域经济地理的形式出现。区域经济地理学以地域范畴明确的区域（如深圳、广东、中国、美国）为单位，研究其经济发展条件，经济结构，地域生产综合体与经济中心的形成与发展，生产地域分工以及与其它区域的关系等。在我国的实践中，国土资源调查、地区经济可持续发展、经济区划和区域规划成为区域经济地理学的主要研究方向。
（三）部门经济地理学
部门经济地理学以经济活动的某一部门为单位，研究其区位、空间组织及其与环境的关系。部门经济地理的研究，在20世纪得到迅速发展。在总结各部门实践基础上，逐步形成了部门经济地理的理论与方法，并用以解决实际中的问题。根据经济活动的部门划分，部门经济地理包括以下主要分支：
1．农业地理学。是经济地理学最早分支之一。杜能的农业区位论研究，开经济地理规范区位研究之先河。在经济地理学的所有分支中，农业地理学与自然条件的关系特别密切。战后以来，国际学术界农业地理学研究包括土地利用类型划分和形成原因，农业技术创新的扩散过程和机制，政府在农业空间组织中的作用，世界粮食供应与环境等。研究方法包括模型分析、农场主决策行为分析和农业生态系统分析等。基于国情，中国经济地理学家主要侧重于农业区划和土地利用研究，于80年代初完成了全国和各省的农业区划，1990年完成并出版《1∶1000000中国土地利用图》，为国际上土地利用小比例制图树立了楷模。
2．工业地理学。由于工业在经济发展中的特殊作用，工业地理学是经济地理学的最重要分支之一。正是韦伯的工业区位论，带动了经济地理学研究的理论发展。20世纪后半期，国际上工业地理学家主要从事了规范工业区位论的理论修改和实例分析（如由成本最小、到收益最大、到多因素综合分析），工业区位的行为分析，工业区位和区域工业发展的多变量定量分析，工业区位的企业组织分析，工业区域发展规划，工业区位和空间组织的政治经济学分析，等等。国内工业地理研究与国家经济建设需要相结合，主要开展了以重点项目布局和联合选厂为中心的区域规划，为摸清工业发展资源基础的区域综合考察，区域工业生产综合体、城市工业开发区和科技工业园区的发展论证等项工作。
3．交通运输地理学。交通运输联结工农业的生产与消费，是工业、农业和商业等经济部门发展的条件；同时，交通运输也是一个独立的生产部门。交通运输地理学研究各类交通运输的空间格局形成原理，它既重视交通点、线、网络与自然条件的关系，也注意它们与经济需要的协调。50年代以来的研究重点包括：交通运输网络、节点、货流、人流（多使用定量模型）分析，交通运输在其它经济活动地理变化的作用分析，以及交通运输服务的非均等性、非适当性分析。我国学者在这些方面也做了不少工作。
4．商业地理学。是经济地理学的前驱，主要研究商品分布、集散中心、贸易联系、运输条件等，特别注重商业活动与地理环境的关系。在市场经济条件下，商业对经济发展具有十分重要的作用，故一定要加以重视。商业地理的研究范围大到全球性的商业流形成及其变化，小到商业网点的布局规律，居民的购物的空间行为（趋于在何处购物），购物行为与环境的关系等。我国80年代以来，经济地理学家也逐步进行了国际贸易、区际大宗商品交换、农村集贸市场、城市商业区布局、居民消费行为等研究。
5．信息业地理学。信息业指从事信息的生产、加工、存储、流通与服务的新兴产业部门。60年代以来，随着以微电子、电子通讯和计算机等信息技术为核心的“信息革命”爆发，信息产业迅速发展，在一些发达国家，已成为国民经济的主导产业部门。信息产业的区位、空间组织及其与环境的关系与以上产业均有不同。与此相关的信息业地理学便应运而生。与交通运输地理学相似，信息业地理研究也包括信息业本身的地理研究和信息业对其它部门经济活动的地理影响。
（四）公司（企业）地理学
区域经济地理学在某种程度上分割了区域之间的联系，部门经济地理学则分割了经济系统的产业关联。由于区域关联和产业关联大多数是由多区域、多部门公司来实现的，公司地理学在一定程度上整合了以上两种分割。
公司地理学是研究公司空间结构、空间行为及其环境关系的学科。公司地理学一词产生于60年代。之后，随着大型公司、跨国公司在经济活动中地位的迅速增加，以及公司组织结构和决策过程的复杂化，该学科研究不断发展。其研究领域包括公司增长的空间研究，公司的空间结构，公司与环境关系，公司活动与区域发展等。改革开放以来，尤其是90年代以来，中国的一部分国有企业经过公司制改造，逐渐摆脱了政府的控制，成为市场经济中自主经营的实体；非国有企业（如外资企业、乡镇企业）本身就具有较大的决策权。我国学者从90年代初期开始，围绕着农村工业企业、国有企业、外资企业、高新技术企业进行系列研究，在国内外发表了一批颇有见地的成果（见李小建的评述）。