虽然我国已经出现了大量的农业产业集群现象，但就整个集群发展阶段来看，还处于形成的初级阶段。主要表现在：
一是农业基地集聚种植已经形成，但规模还不大；上游的辅助性、原料性企业已经进入，但加工企业的数量还很少；农作物大部分以未加工的形式销售，附加值还比较低。究其原因：一是没有充分利用资源优势。不能把握当地的资源优势，因地制宜，大力发展优势产业，失去了资源优势的价值，使得农业不能形成规模。
二是缺乏正确的科学规划。农业产业集群是政府导向和市场作用的共同结果。个体种植具有盲目性，政府应利用其财力、权力、科研等优势，充分考虑市场情况，因地制宜，进行科学的规划，对农业产业集群发挥导向作用。
三是农业企业融资难。虽然国家和地方政府一直在加大对农业的支持，并且出台一系列措施加大对农村金融的改革，但由于信息的不对称、抵押物品等问题，使得很多的农户和加工企业很难筹措到需要的资金，限制了农业产业集群的发展。
四是公共服务及政策体系不健全。由于公共物品的特殊性，通过市场运作很难有效供给，因为各个企业的投入可能出现因规模不经济而导致成本上升，也有可能由于投人或风险巨大而没有企业进行投入，这必将制约产业发展。