1956年7月经过民族识别，正式确定毛南族为单一民族，称为“毛难族”。1986年6月根据本民族意见，国务院批准改为“毛南族”。而贵州的毛南族自称“哎绕”、“印吞”、“哎吞”等，也是“本地人”、“自己人”之意。其他民族则称他们为“偒僙”或“佯僙”等，1990年7月27日才正式确认为“毛南族”。
对于毛南族的族源，史料记载较少，方志碑文族谱记载亦不详。一般认为毛南族与布依族、仫佬族、仡佬族等南方民族有渊源关系，都是由岭南百越支系发展而来的。
殷商时期，百越人就活跃在长江以南的广大地区。毛南族是由秦汉以前的“骆越人”，隋唐时期的“僚人”发展而来。宋元时期，部分僚人与侗水语支诸民族被统称为“伶人”。《广西通志•诸蛮》载：宋高宗绍兴时，“安抚使吕愿中诱降诸蛮伶、侬、僚、侗之属三十一种，得州二十七，县一百二十五，寨四十，峒一百七十九”。伶、侬、僚、侗这些山地民族归顺后相互交流融合。明清时由“伶人”之一支“苦亻卖 伶”同其他民族在环江三南地区融合形成毛南族，在贵州则称“佯僙”人。从这些史料中我们可以看出毛南族由骆越、僚人、伶人、“佯僙”人、苦亻卖 伶到最后形成一个民族共同体的发展历程。
为了反抗封建统治阶级的压迫，毛南族人民曾不断起来斗争。宋庆历四年（1044年）以思恩县（今广西环江县）人区希范为首的反抗斗争，就曾攻破环州等地，斗争持续一年之久。清乾隆年间，贵州毛南族刘兵头、刘同老、刘啊福等，联合反抗当地杨氏土司的统治与剥削。太平天国革命时期，石达开回师广西时，不少毛南族人民参加了太平天国军。第二次国内革命战争时期，红七军北上经过毛南族地区，产生了相当大的影响。抗日战争时期，毛南族人民响应党的号召，和汉、壮等族人民一起，组织了抗日人民游击队，迎头痛击日寇，一直坚持到抗日战争的最后胜利。1949年10月，毛南族人民在党的领导下，和汉、壮等族人民一起，组织了200多人的一支武装队伍，歼灭了企图盘踞在毛南族地区的国民党伪保安第七团，俘敌100多人，缴获150多杆枪，有力地配合人民解放军解放了毛南族地区。在长期的共同斗争中，毛南族人民与汉、壮等族人民的关系日益密切。
新中国成立前，毛南族地区基本处于一种政族合一的自治行政建制中。毛南族都以同姓同族聚居，各个家庭以同宗共祖的关系聚居在—个村屯之中，一般一个姓氏为一个村峒。贵州平塘县的毛南族以刘、石姓为主。环江县毛南族以谭姓最多，约占本民族总人口的70％以上。此外还有韦、覃、袁、卢等姓。村落依山而建，多则几十户、少则十来户人家建立小村庄，最大的也不超过百户。毛南族的村落，分别称为“龙办”(村)和“晓桐”(峒)。“龙办”居住的户数较多，有20户至五、六十的，甚至多达100多户到200多户的。“晓桐”少则3～5户，多则有30到40户，有的为了开垦一座山地，单家独户住在半山腰或山顶上。
据历史记载，广西毛南族地区元代为思恩县地，属庆远路管辖。明正德元年（1506年）思恩县改属河池州。在思恩实行乡、里、甲制，全县分4乡23里39甲。清代，思恩县属庆远府。历代行政建置和隶属关系更替不迭。咸丰年间，全县分前、中、左、右、后五团，团下设甲，实行军政合一的“团甲制度”，毛南族地区属后团管辖。光绪年间，这里设“毛难甲”，属思恩府镇宁乡。“甲”之下有上、中、下三“额”，“额”设“团总”。“额”以下又分“牌”，“牌”有“牌头”，一般管辖十户。辛亥革命后，也一直沿用了清代的团甲制度。1933年以后，又推行乡、村、甲制，毛南地方分设上南、中南、下南三个乡。上南乡辖隆盛、宝楼、普理、高岭、玉环、中乐、柴门等村43屯。中南乡辖信甫、社漠、上八、仁义、上义、敢强、昌崖(含南昌、松岩)、信洞、木洞等村21屯。下南乡辖六圩街以及波川、孟仁、景阳、凤夏、建在、醒龙、希远、后肯、宿邦等村24屯。