古代柯尔克孜的社会组织基本形式是氏族部落制度，至清代其形式仍然较为完整地保留着，但与原始社会的氏族部落制已经有了本质上的差别。氏族部落内部已有阶级对立，血缘关系已被打破。同一氏族部落的人，其祖先可能分属于另一氏族部落，甚至另一个民族。氏族部落实际上已经变成一套行政体系。
清代，柯尔克孜族部落在汉文文献提到的主要有：萨雅克、萨尔巴噶什、布库、霍索楚、启台、萨娄、额德格纳、蒙科尔多尔、齐里克、巴斯子、冲巴噶什、胡什齐、岳瓦什、提依特、奈曼、希布察克、诺依古特、苏勒图等。上述部落若按游牧地域划分，大体可沿纳林河、费尔干纳山脉为界，分为东西两部；若按各部落间的亲缘关系，这些部落又有“伊什克里克”（内部）、“塞尔特克”（外部）之分，而“伊什克里克”和“塞尔特克”之内又分为左翼和右翼。
“伊什克里克”和“塞尔特克”大体是各大小部落按亲缘关系远近构成的两大部落联合体。部落在多数情况下被称为“鄂托克”，管领一二十或二三十个氏族（爱曼），酋长称“比”。爱曼由若干阿寅勒组成，头人称“阿合拉克齐”。阿寅勒是部落和氏族成员共同居住和劳动的基层单位，一般由5～7户组成，有自己的名称和固定的牧场，成员在农牧业生产和狩猎活动中彼此协助。每个阿寅勒有一个头人（巴什）主持内部的各种生产劳动。户或牧户（帐户）是柯尔克孜社会的细胞。
1884年新疆建省以后，随着中央集权制的加强，各种行政管理机构的设置，柯尔克孜族传统的氏族部落制度发生了显著的变化，开始逐步解体。传统的以父系血缘关系为纽带的社会组织，转化为以地缘关系为基础的社会组织。阿寅勒变成单纯的生产组织。20世纪30年代以后，柯尔克孜地区完全被纳入县、区、乡和村各级行政管理体系之中，阿寅勒成员之间和阿寅勒之间的重大问题不再由头人而转由所在区、乡、村政府处理。新中国成立后，柯尔克孜族的氏族部落组织虽已消失，但由于传统习俗，部落观念和部落头人的影响仍然存在，在牧区表现的较为明显。
柯尔克孜族的先民很早就步入了阶级社会，有考古材料证实部落成员之间已存在贫富分化。在薛延陀汗国统治时期，部落事务由论悉辈、居沙波辈和阿米辈三位酋长分治，薛延陀派一名颉利发监治。唐代，汉文史书称黠戛斯君长为“阿热”（后突厥汗国、回鹘汗国称之为可汗），阿热之下，有宰相、都督、职使（刺史之误）、长史、将军、达干等官职。清代，柯尔克孜族活动地域甚广，但内部并不统一，大小部落分由等级不同的比各君其地。按照习惯法，清初柯尔克孜左右两翼每年都要从各自年长的比中选出一个大“比”来管理公共事务，左翼推举者称玛木特呼里，右翼推举者称喀喇博托。两位大比并不拥有各部落比和大封建主的统治权，仅相当于部落盟长而已。每个部落的实际统治权掌握在被称为“乌鲁克比”的部落酋长手中。清朝统一新疆后，归附的柯尔克孜各部落大小头目被赐以二至七品顶戴，仍管理旧部不变，但他们有进京朝贡的义务。整个柯尔克孜族地区由喀什噶尔参赞大臣专管，而靠近伊犁地区的，每两年由伊犁将军派领队大臣前往巡查一次。新疆建省后，伯克制度被废除，道、府、厅、州、县制成为管理柯尔克孜族地区的政治制度。厅、州、县以下的基层管理，在北疆实行了千、百户长制，在南疆则实行了乡约制度。千、百户长、乡约等仍由部落头人担任，由政府任命，对柯尔克孜族地区的这一管理办法一直沿用至民国时期。
风俗习惯