《辽史》称黠戛斯作辖戛斯。至10世纪时，契丹族兴起，黠戛斯成为契丹政权辽的属国，辽在辖戛斯设“辖戛斯国王府”。1124年耶律大石西逃，经过辖戛斯地区时，肆意劫掠，遭到辖戛斯人的截击和驱逐。
元代称柯尔克孜族为乞儿吉思或吉利吉思。12世纪末，蒙古兴起时期，柯尔克孜族也曾受到蒙古的侵袭。1206年,铁木真称成吉思汗，将包括柯尔克孜在内的百姓分封给自己的弟弟豁儿赤。
元亡之后，柯尔克孜族的近邻西蒙古瓦剌部强盛起来，柯尔克孜族又成为瓦剌的属部。15世纪前期，随着瓦剌首领也先的死亡，瓦剌势力衰弱，逐渐西迁到额尔齐斯河一带。柯尔克孜从此摆脱了瓦剌的统治。
16世纪时，在叶尼塞河一带的柯尔克孜族分成四个部分，被称为四个王国，即图瓦王国、叶泽尔王国、阿勒蒂尔王国和阿勒蒂萨尔王国。阿勒蒂萨尔王是四王之首。16世纪末、17世纪初，准噶尔部逐渐强大，柯尔克孜族大部分成为准噶尔的属部和属地，同时也是准噶尔汗和阿勒坦汗争夺的重要地区之一。此时，沙皇俄国向东侵略扩张的矛头伸到了柯尔克孜地区。柯尔克孜族人民对沙俄的侵略扩张活动进行过激烈的反抗。1703年秋，伤亡巨大的柯尔克孜人听从其厄鲁特宗主的决定，在2500名厄鲁特士兵带领下，举族越萨彦岭，迁到额尔齐斯河东南草原。迁徙过程中，除少数留在萨彦岭与唐努山之间的河谷中以外（今图瓦一带），大部分迁到了西部伊塞克湖地区、费尔干盆地极其附近山区，另一部分迁到了帕米尔高原、兴都库什山和喀喇昆仑山一带及其附近地区，与先期到达此地的同族汇合。
清朝称柯尔克孜族为布鲁特。18世纪初，布鲁特人处于封建农奴制阶段，以游牧畜牧业为主。“爱曼”是社会基层组织，若干“爱曼”为一鄂拓克，其首领称“比”，每一比“或有管领一二十爱曼者，或有管领二三十爱曼者”。为了反对准噶尔的掠夺，布鲁特与哈萨克、维吾尔一起进行了长期的反对准噶尔贵族奴役、掠夺的斗争。这个斗争，实际上与雍正、乾隆时期政府与准噶尔农奴主贵族的斗争东西呼应，起到了互相支持的作用。
18世纪后期浩罕征服了费尔干纳盆地的布鲁特部落，19世纪初又开始逐渐侵占中国布鲁特各部。
19世纪中叶，俄国势力逐步东侵，第二次鸦片战争时，沙俄乘机与清朝签定了《中俄北京条约》，给清政府强加了一条西北边疆地区中俄边界的分界线，把大批柯尔克孜部落划归俄国。1864年又强迫清政府签定了《中俄勘分西北界约记》，大部分柯尔克孜族部落被划入俄国。1884年清政府在新疆设省时，留在清朝版图内的柯尔克孜族人，只剩下当时柯尔克孜人口总数的二十分之一了。
1895年，英、俄瓜分帕米尔后，帕米尔东部色勒库尔（今新疆塔什库尔干县）的柯尔克孜族人民，为阻挡沙俄继续东进，和沙俄进行了长期的斗争。
辛亥革命以后，新疆柯尔克孜族人民经历了杨增新（1911～1928）、金树仁（1928～1933）、盛世才（1933～1944）以及国民党的统治。1916年，中亚地区的哈萨克族、柯尔克孜族因不堪忍受沙俄的专政统治而进行反抗，遭到残酷镇压，大约15万柯尔克孜族难民迁到北疆伊犁、南疆阿克苏、乌什、喀什、伽师等地。
抗日战争爆发后，柯尔克孜族人民积极参加抗日活动。许多青年参加了反帝会，牧民们为抗日前线捐献牲畜和各种物品。
1949年9月25日，柯尔克孜族人民与各族人民一道迎来了新疆和平解放。从此结束了苦难深重的历史。1954年7月14日，克孜勒苏柯尔克孜自治州宣布成立，自治州包括阿图什市、乌恰县、阿合奇县、阿克陶县。如今，克孜勒苏柯尔克孜自治州已经在共和国的史册上写下了五十多年民族自治的历史。