宋末元初，水族已进入封建社会。蒙姓贵族在龙江上游的广大地区建立了封建领主制度的形态，但仍保留着较浓厚的农村公社色彩。表现在领主对辖区内土地并无绝对的支配权，人身依附关系并不牢固，而且在社会基层组织的“洞”或“寨”内，成员还有一定的独立自主权。“洞”、“寨”内有自己的领袖“都老”管理内部事务，遇有战事则敲击铜鼓或吹牛角，由“都老”召集成员参加战斗。成员可以自由使用洞、寨公有的山林、牧场，但经过开垦的土地则归垦者占有。对封建领主的贡赋亦以村寨作为负担单位。
元朝政府对西南少数民族实行招抚政策，设置了一套从路到总管府、军民府的统治机构。1283年，四川行省参政曲立吉司用武力镇压了贵州南部“九溪十八洞”的少数民族，加封少数民族首领为世袭土官，通过他们来统治少数民族人民。不久，邻近的烂土、陈蒙等处的“洞长”也接受了元朝的封号，改陈蒙、合江两洞为州并增设了陈蒙、烂土军民安抚司。规定按期向封建王朝纳贡丹砂、雄黄以及马匹、雨毡、刀等物。
明代，水族地区的社会经济有了显著的发展。在农业生产方面，由于生产工具的改进，在较平坦的地区新开了很多水田。在过去采用“刀耕火种”的山区，也已开辟为梯田，改变了过去“不以牛耕”的习惯，兴修水利，灌溉田亩，生产技术有所提高，粮食产量有了增长。生产力的发展提供了更多的剩余产品。另一方面，由于大量开垦，出现了许多不向土司、土目交纳负担的“私田”，农民间分化出一部分新兴的地主阶级，领主经济逐渐向地主经济转化。依附于农业的家庭手工业也有了显著的发展，特别是手工业纺织产品不但可以自给，还有剩余拿到市场出售。定期赶集的初级市场也在不断形成，并出现了较大的集镇。驿站的普遍设置，在客观上便利商旅的往来，与外地经济往来联系更加密切了。随着江南汉族移民大量迁入，带来了先进的生产技术，水族人民与汉族人民互相学习，友好相处，对水族地区的经济文化发展起了促进作用。
明代沿袭元代分封土官的办法，在水族地区设置土司。水族人民不仅要向封建王朝交纳赋税，同时还要给土司、土千总、土目服无偿劳役和各种杂派，如耕种“印田”、“塘田”、“伕田”、“鼓手田”、“筷子田”等，种某项田的农民就要负担差役或交纳某种实物，种“伕田”的要给土司抬轿。土司家庭的一切糜费、鸡鸭、柴草以至筷子，都要农民定期交纳。土司拥有官吏、军队、法庭和牢狱，对农民有生杀予夺之权。明代在加强土司制度的同时，在有条件直接统治的地方，则逐步实行“改土归流”。如明初，封建王朝以武力消灭了荔波的蒙、皮、雷三姓土司以后，分置方村、蒙村、穷来村三个巡检司。1506年又改司设县，委派流官统治。在明代封建统治阶级和土司的剥削压迫下，水族人民和邻近各族人民的反抗斗争此伏彼起，较大的就有十多次。今榕江县境内的八开土司、三都县境内的甲早白姓土司等，也与当地的水族发生过多次纠葛抗争。1432年水族人民在韦翁同的领导下，反抗烂土土司的斗争；1479年水族人民支持苗族人民反抗安宁土司的斗争；1489年水族人民围攻镇压人民的军事据点杨安堡等。
从清初到鸦片战争的200来年间，水族地区的社会经济有了进一步发展。农业生产有了显著的提高，在平坝地区，水稻亩产可达三百斤以上，已有少数从农业分离出来的独立手工业者，在烂土、三脚屯及荔波县城等城镇出现了小规模的手工业作坊。根据嘉庆年间的记载，当时手工纺织技术已达相当水平，烂土出产的斜纹布，称为“顺水班”，行销邻近各县。商业也逐渐发展起来，乾隆时，仅三脚屯州洞辖区内，农村初级市场即有14个之多，来往商旅络绎不绝。清朝统治者为了加强对水族人民的统治，在水族的土司辖区内增设流官。这时地主经济有了相当发展，农民的土地大量被地主霸占。至19世纪初期，水族地区已出现了拥有一千多亩田的大地主，通过地租、高利贷，对劳动人民进行剥削。英勇的水族人民与临近各族人民掀起了多次反抗清朝统治者及本民族剥削阶级的斗争。1803年，荔波知县胡苍睿等一批赃官在赴任途中被水岩的水族农民全部消灭。从此以后，清政府派到荔波的官吏，“莫不心怀畏缩，裹足不前”。
19世纪80年代以后，帝国主义势力直接深入水族地区。农民被诱迫大量种植鸦片，每年沿都柳江外运的鸦片达数十万两，农村生产力遭到了破坏。过去水族妇女纺织的传统的“水家布”，因质地牢固而不易褪色，行销远近，这时也由于洋布、洋纱的输入而受打击，传统纺织业变成了洋纱加工手工业。
辛亥革命以后，民族资本有过微弱的发展，在今三都水族自治县内开办铁、汞、锑等矿厂，但终于为国民党官僚资本所垄断，买办资本家大肆掠夺水族地区盛产的油桐、五倍子等土特产，地主阶级大量兼并土地，地租剥削由“对半分”变为地主收六成甚至七成，加上高利贷和雇工等剥削，逼得许多农民倾家荡产。法国传教士在黔南设立了一些天主教堂，连三都县九阡镇板南村也建起教堂，教会与地主阶级相勾结，横行霸道，欺压人民。
帝国主义扶持的地方军阀连年混战，给人民带来极大灾难。1922年，云南军阀张开儒部路过水族地区就拉去民伕一万余名，沿途病死者不计其数。各派军阀竭力收编和扩大土匪武装，形成了军阀、地主、土匪三位一体的统治。从当时流行的谣谚可窥出水族地区的状况：“官如匪，兵如篦，保安团过如刀剃。”“穷人头上三把刀，官家压、地主剥、土匪烧。”在官匪联合统治下的二、三十年间，水族聚居的一些地区人口减少了1/3，农村荒凉，劳动人民大多过着吃蕨根、盖秧被、以灰水代替食盐的悲惨生活。
近代水族人民进行过多次的革命战争，其中规模较大的是19世纪中叶的农民起义和20世纪初的反帝爱国运动。1855年，在太平天国革命的影响下，水族人民在潘新简的领导下，团结周边布依、苗、侗、汉族人民，投入“咸同起义”，参加者达数万人之多，转战黔南桂北，坚持斗争达18年之久。起义军所到之处，打倒官僚、地主恶霸，废除苛捐杂税，得到各族人民的热烈支持，与太平军、捻军及回民起义军共同构成了当时全国人民反抗清朝统治者的大风暴。1906年三月，水族激于帝国主义传教士在水族地区的罪恶行径，与当地周边民族一起拿起武器坚持战斗年余，攻打都匀府，打开监狱，救出蒙难群众，捣毁教堂，先后参加斗争的群众达10万人以上。