１．黄河断流的自然原因
黄河流域近年来降水量减少是黄河断流的主要自然原因。
长期以来，我国的气候呈现出寒冷期与温暖期交替的变化规律，到２０世纪，我国进入气候温暖期，气温逐年上升，降水量逐年下降，黄河河南花园口以上流域１９９０年～１９９５年间平均降水量减少１２％。
黄河径流主要来自于上中游以降水补给为主的地表与地下径流，流域内降水量的下降直接减少了径流的水源补给量。
黄河流域属于半湿润、半干旱地区，降水量本来就不充沛，水资源不足，进入温暖期后蒸发加强，降水减少，旱情加重，水资源供求关系更加吃紧。
２．黄河断流的人为原因
从某种意义上讲，黄河断流与其说是天灾，不如说是人祸，人类对水资源的不合理利用是黄河断流的主要原因之一。
①森林覆盖率低，水土流失严重。
历史上植被状况的恶化对黄河断流影响很大，原有的茂密森林在唐代、宋代之后遭到人为的毁灭性破坏，直到今天，黄河流域的森林覆盖率仍然远低于全国平均水平，其生态破坏的趋势远未能得到根本性的遏制，甚至于有所发展。水土流失量惊人，土地蓄水、保水性能很差。生态环境的恶化、森林的消失是造成黄河洪灾与断流并存的历史原因。
②人口、经济迅速发展，耗水量剧增。
本世纪５０年代以来，黄河流域人口猛增，人类生产与生活规模无节制扩大，耗水量呈现急剧上升态势。
５０年代时，黄河下游灌区灌溉１４０万公顷农田，９０年代灌溉面积上升到５００万公顷，工业生产用水也数十倍地增长。
５０年代初期，黄河供水地区年均耗水量１２２亿立方米，９０年代初达到３００亿立方米，而同时年均降水量反而有所下降。
与５０年代相比，９０年代黄河下游非汛期来水减少２４．５亿立方米，同期耗水量反而增加８１．５亿立方米，水资源供需矛盾尖锐，黄河水资源供远小于求，断流在所难免。
③缺乏统一、健全的水资源管理体制
在枯水年份或者枯水季节，黄河沿岸各地只从自身利益考虑，纷纷引水、蓄水、争水、抢水，水资源管理混乱，水量分配不合理，水荒矛盾更加突出。
新中国成立以后，我国政府在黄河上中游兴建了一大批水利工程，预计到２０００年时，黄河上中游地区水库的总库容量将达到６６０亿立方米左右，大大超过了黄河河南花园口水文站的多年平均径流总量，上中游巨大的截流能力固然有利于上中游地区的水土保持与经济建设，但也导致了下游地区水量的大量减少，加重了下游水资源匮乏的程度。
④水费价格偏低，农业灌溉方式原始，水资源浪费惊人。
黄河流经了我国北方重要的农业产区，农业灌溉用水即占全河流用水总量的９０％以上，而引黄渠每立方米水费仅为３．６厘钱，远远低于供水的生产成本，如此低廉的水价自然难以唤起人们的节约用水意识，只能促使人们利用水资源时的放纵、毫不吝惜。
目前，黄河流域共有水浇地５００万公顷，农业灌溉仍然主要采用大畦漫灌、串灌等原始灌溉方式，一些灌区每公顷地年均毛用水量竟然高达６０立方米，粗放经营的农业生产方式使黄河水资源的有效利用率不及４０％，水资源浪费程度令人触目惊心。
⑤水体污染严重，水体质量不佳。
随着人口的剧增、经济的发展，黄河流域水污染程度逐年加重，水体质量的明显下降既影响了人体的健康，也降低了黄河水资源的开发利用率，“水荒”矛盾更加尖锐。