澎湖列岛港湾条件十分优越，现有大小港口、船澳60余处，最大属位于澎湖本岛西南部的马公港。该港是台湾主要海军基地之一，由金龟头和风柜尾合抱而成，总面积15平方千米，港区分成南北两部分，港口开向西北，宽约1.2千米，并设有防潜网。南部测天岛为军港，东西长约5干米，南北宽约2千米，水深10.5一14.6米，底质以泥沙为主；共有码头18座、浮筒44个，可同时停泊2000—10000吨级舰船18—24艘。其中，处在测天岛南侧的7—10号码头长300米，水深7米，一次可停靠3艘驱逐舰；处在测天岛上的海军第二造船厂，有l座长129米、宽25米的3000吨船坞，可修护卫舰以下舰船。北部马公市是渔商港，东西长约2千米，南北宽约1.2千米，水深3—6米，底质大部为贝壳和沙土。港口外渔翁岛大、小池湾以南，为海军主要锚地和舰艇戒备待命区；风柜尾与四角屿之间，曾为美国海军潜艇锚地。澎湖与台湾之间的海上运输，有马公港与高雄、台中，锁管港与嘉义布袋港，良文港与云林台西港的定期航线(班船)；澎湖各离岛之间的运输，有马公与八罩岛、七美屿的定期班船。
澎湖列岛，属亚热带海洋性气候，终年温和，是台湾省唯一雨量最少、气候干燥区域。降雨多集中于5—9月(以6—7月最多)，尤以10一11月最少，冬季和夏季偶有咸雨，年平均雾日为2—3天。气温2月份最冷，平均气温16℃；7月份最热，平均气温28℃；年平均气温约23℃。多风，风速大，全年大风日数可达138天，风向稳定，年平均风速达6.1米／秒。11月至翌年4月多为北东风，以ll—1月风力最强36—8月多南或西南风；6—9月多台风。海流与台湾西部沿岸海流大致相同，一年中除东北季风强劲期自东北流向西南，流速微弱外，其余时间均自西南流向东北，流速0.3—3.5节；澎湖水道流速较大；最大浪高可达6—7米。潮汐北半部为正规半日潮，南半部为不正规半日潮。潮进南半部早于北半部，潮差北半部大于南半部。平均高潮间隙ll小时57分，平均大潮差2.25米，平均小潮差1.33米，平均潮差1.79米。由于岛屿、水道众多，潮流流向多变，基本上是顺水道而流，涨(落)潮流向北(南)或西北(东南)，约于马公港高、低潮时转流；流速在台湾附近最大，一般3节左右，最大可达5节以上。涨落潮流最强时刻，为马公港高、低潮后3小时。虎井屿东端，涨(落)潮流向西北(东南)，流速4(4.8)节左右；吃子尾南方，涨(落)潮流向西(东南)，流速4—5.8(3.8—5)节；澎湖湾南口，涨(落)潮流向东北(东南或西南)，流速1.3(1.5)节；马公港口附近，涨(落)潮流向东(西北)，流速均小于0.5节；牛公湾北水道口附近，从高(低)潮后约3.5小时起至低(高)潮后3.5小时止，为西北(东南)流，流速均为4.5节，高、低潮后约3.5小时为转流时间；澎湖水道，受北向海湾影响较大，查某屿东2.5海里处，涨(落)潮时流向北(南)，最大流速达5(1.8)节；查某屿以东8海里处，海水经常流向北，涨潮时最大流速约5节，落潮时流速甚缓，仅0.5节；吉贝屿以东10海里处，海水经常流向北，夏季涨潮时最大流速达5—6节，落潮时流速约0.5节；将军水道，一般涨(落)潮时流向西北(东南)，流速2—4(2.5—3)节，基本在高、低潮时转流，涨潮流水道东侧较西侧大；八罩列岛及其东、西、南面附近岛屿之间，一般涨(落)潮时向北(南)流，最大流速约3.5(2.5—3.5)节。