微生物食品 微生物是目前世界各国竞相开发的新蛋白质资源，其蛋白质含量一般在30%～50%之间，利用单细胞蛋白质的新型人造食品，前景十分广阔。如果以每年世界石油产量的1%作原料，利用微生物工程来生产单细胞蛋白质，可供10亿人吃一年。
微生物饲料 发展微生物饲料生产，实现“人畜分粮”是白色农业的主导业。目前，利用农作物秸秆、谷壳等制成的微生物蛋白质饲料已被广泛使用，这对发展畜牧业，提高肉、蛋、奶的数量和质量，改善居民的膳食结构有着重要意义。
微生物肥料 微生物肥料是把广泛存在于自然界的多种有益或将其提取物组合固化，形成能分泌多种分解酶的有益菌种。由于这样的菌群既能催化分解各种农作物秸秆、树枝等有机物，形成腐殖质，又能分解岩石中的矿物质，形成可被植物吸收的活性元素，从而起到天然肥料的作用。
微生物农药 化学农药长期使用后会破生态环境，有害人类健康，因而出现了微生物农药的兴起和发展，在国际上已形成了大产业，我国是一个农业大国。农作物病虫害十分严重，每年损失粮食约150亿千克、梅花约700亿担。因此，为了农业的持续发展，大力开发利用微生物农药是我国的当务之急。
微生物能源 我国在微生物能源方面应用最广的是沼气，目前我国许多地方发展沼气已不单单看作是能源建设，而且是一项有郊的环境保护和生产建设。国外微生物能源的利用主要是将甘蔗、甜菜等植物的废弃物，通过微生物发酵，生产酒精替代汽油作汽车燃料。
微生物生态环境保护剂 近年来，国外在开发微生物制剂，消除水、土壤中的有毒气体的有类物质方面成效卓著，许多“除臭剂”已规模生产并大面积推广使用。