南京医科大学设有两个校区（五台校区和江宁校区）。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1300亩，是教学和科研中心。学校图书馆有纸质文献85万余册、电子文献78万余种、中外文期刊6000余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有11种学术期刊。
近年来，南京医科大学广泛开展对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、加拿大、澳大利亚、瑞典、日本、台湾、香港等国家和地区的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生500多人。
进入“十二五”，全校师生员工将认定新目标，凝心聚力，开拓创新、锐意进取，积极推进实施“十二五”发展规划，努力把学校建成一所国际知名、特色鲜明的高水平医科大学，力争在医学人才培养、医学科学研究、医疗卫生服务、文化传承创新方面做出更大贡献！
