南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。
南京医科大学设有17个学院和1个独立学院——康达学院。在江苏、上海、浙江、山东等地拥有23所附属医院和50多所教学医院。学校现有在职教职工1500多人，其中学校编制专任教师689人。有教授166人、副教授188人，有博士生导师204人、硕士生导师1137人（含附属医院）。学校现有中国工程院院士1名，“长江学者”特聘教授1名，国家“千人计划”2人，国家杰出青年科学基金获得者6人，国家级教学名师1人，入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”5人，“江苏特聘教授”9人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。学校是江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。2006年、2008年、2010年，学校连续三次被评为“江苏省师资队伍建设先进高校”。
南京医科大学现有一级学科博士学位授权点7个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学）、二级学科博士学位授权点48个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点73个；博士后科研流动站6个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、3个江苏省一级学科重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。
南京医科大学设有17个本科专业、2个六年制双学位专业和5个七年制专业（方向）。目前，在校生总数为1.3万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。
南京医科大学现有1个国家重点实验室、4个部级重点实验室、13个省级重点实验室（工程中心）。“十一五”以来，学校的科研水平不断跃升，承担了多项国家“863”、“973”项目，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。2012年，我校获得232项国家自然科学基金项目，再创历史新高。四次被评为“江苏省科技工作先进高校”。
南京医科大学现已建成5门国家级精品课程、13门省级精品课程，有5个国家级特色专业、5个省级特色专业、3个省级品牌专业、2个国家级双语教学示范课程；建成2个国家级实验教学示范中心、9个省级实验教学示范中心、19个中央和地方财政共建高校教学实验室、有1个国家级人才培养模式创新试验区。主编11部国家“十一五”规划教材。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，就业率始终保持在95%以上，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”。
