据说在元代以前，果子沟还是一个不通轮轳的古牧道。南宋末年，成吉思汗挥兵4路西征时，为了加快进军步代伐，他命二太子察合率部在果子沟境内“凿石理道，刊木为48桥”，终于凿通了果子沟天险。不仅加快了作战步伐，为成吉思汗夺取军事上的胜利作出了贡献，而且打开了中原通向伊犁河流域的通道，为古丝路新北道找到了一条捷径。此后，明、清两代政府都在果子沟驻军把守，并设驿站，清乾隆年间在这条沟谷中设立了头台、二台两座驿站，负责传递朝庭政令和边防军情。自此，果子沟更是车马喧闹，显示出它的重要性。
果子沟山清水秀，气候凉爽，为一理想的避暑胜地。特别是夏末秋初的时节，山上山下可以看到一年四季的不同景色：谷底山花烂漫，蜂飞蝶舞，这是阳春的气象；山峦松塔如墨，林涛千层，这是夏天的景致；山坡上野果正熟，满目橙黄灿烂，这是金秋的画面；那远山皑皑冰峰，和近处的苍松白雪，相映增辉，这又是北国冬季的风光。所以古人称果子沟为人间的“奇绝仙境”。
果子沟，还是一处饱藏着山区资源的地方。整个沟谷的沙滩、山坡，长满了野生的塞维氏苹果和山杏、核桃，“果子沟”之名，正是由此而来。果子沟还生长着百种中药材，如党参、当归、贝母、独活、蓁艽、佩兰、山大黄、赤芍、野牡丹（即白芍）等。有的沟内，野牡丹密株连片，这些野牡丹的根下，长出一种叫冬虫夏草的黑蘑菇，是全国稀有的名贵药材。果子沟还蕴藏有丰富的石灰石和粗质的磨刀石头；桦木和松木资源也相当可观。在密密的山林里，出没着许多野兔、狐狸、狼、熊、野猪、马鹿等走兽飞禽，形成一个环境优雅的天然动物园。