焦点一：三峡工程诱发地质灾害？
近年，三峡库区及西部地区发生多次地质灾害活动，尤其是近坝区秭归连续发生地震，不少人将其与三峡工程相联系。三峡工程的建设，究竟是否会诱发地质灾害？
中国工程院院士、长江水利委员会总工程师郑守仁指出，首先需要明确的一点是，在三峡工程修建之前，由于地形、地质条件复杂，三峡地区原本就是地质灾害多发区。随着三峡水库建成蓄水，临水岸坡的水土条件会受到影响，局部库岸地段可能产生失稳现象，这是所有水库在蓄水初期都会遇到的情况。
不过，郑守仁强调，目前学术界公认，对构造型水库诱发地震来说，水库蓄水只可能触发距离库区较近且已接近极限状态的发震断层，且多是诱因，并非主因。
郑守仁指出，随着时间推移，待库岸水势消长逐渐形成规律，水库周边水土环境变化将趋于平衡，达到新的稳定，发生地质灾害的数量和规模都会减小。
中国工程勘察大师、长江水利委员会原三峡工程地质专业负责人陈德基介绍，尽管三峡库区从2013年12月以来，接连发生了三次4级以上的地震，但其强度和震中位置均在原先预判的范围之内，并不能表示三峡进入一个地质活跃期。这一地区今后仍有可能发生5级左右乃至5.5级地震，但根据这一地区的区域地质背景和地震地质条件分析，产生6级及6级以上强震的可能性很小。
焦点二：三峡工程引发生态灾难？
三峡工程对库区生态以及生物多样性的影响，也是社会关注的焦点之一。
郑守仁院士表示，在三峡工程批准建设之前，已就三峡工程对当地动植物可能存在的影响进行了严格论证。
目前，从陆生生态系统来看，三峡库区陆生脊椎动物不仅可以主动迁离库区，而且在库区以外有广泛分布，不存在灭绝的危险。对于珍稀陆生植物，有关部门采取了种质资源保存、植物园保存、野外迁地保存、就地保护等措施。
“植物界的大熊猫”珙桐、国家一级重点保护野生植物红豆杉、三峡库区特有的珍稀濒危植物荷叶铁线蕨……长江三峡生态园林有限公司经理张国禹介绍，为了挽救三峡库区濒危及特有物种，三峡集团把生态价值与环境保护放在与工程建设同等重要的位置，并于2007年7月成立了三峡苗圃研究中心，目前，中心已经引种了三峡特有、珍稀植物224个品种，共计13000多株苗木。
国家相关部门的监测资料也表明，库区及相关区域的生态环境质量总体良好，与蓄水前相比基本保持稳定。库区长江干流水质总体保持在Ⅱ、Ⅲ类水平；生物多样性得到有效保护；水库未对周边区域气候产生明显影响，三峡工程生态环境影响未超出论证的预测范围。
参与三峡工程专项验收的中国科学院院士、水生生物专家曹文宣表示，三峡工程蓄水导致坝上库区由流水变为静水，并且水深对光线、溶氧等生态条件发生变化，对原有底栖生物、流水鱼类产生了一定影响，三峡库区生态系统目前正处于迁变过程，但整体上未超出预期。
长江水利委员会介绍，自2011年开始长江防总对三峡水库连续三年实施了生态调度试验，为长江主要渔业资源四大家鱼创造产卵条件，调度达到预想效果，四大家鱼“鱼卵汛”多次出现。
焦点三：三峡工程难解泥沙淤积问题？
对水电工程而言，泥沙淤积容易导致水库库容不断减小，进而影响水库综合效益。三峡水库如何解决这个水电站“致命难题”，泥沙淤积的现实情况如何？
三峡集团介绍，三峡水库蓄水以来，由于创新采取了“蓄清排浑”方式蓄水——即在汛期时加大排水量使浑水出库，在枯水季节大量蓄积清水——极大减少了泥沙在水库内的淤积。
2012年以来，三峡集团还采取库尾减淤调度、沙峰调度等措施，进一步减少了库尾及库区泥沙淤积，有利于水库更长时间保持有效库容。各重点河段冲淤形势及河道演变也符合前期预测成果。
中国工程院发布的《三峡工程试验性蓄水阶段评估综合报告》显示，自三峡水库开始蓄水以来，入库年均水量变化不大，但入库年均沙量为2.03亿吨，为1990年前均值的42%。175米试验性蓄水以来，三峡水库上游来沙减少趋势仍然持续，2009年至2012年的年均入库悬移质输沙量为1.83亿吨，仅为1990年前均值的38%。
“随着三峡上游新建各大水库的蓄水拦沙和上下游水库的联合调度，三峡水库的泥沙淤积总体会进一步缓解。”三峡工程试验性蓄水阶段性评估项目组组长、中国工程院沈国舫院士说，“三峡水库可以在100年内维持200亿立方米的库容量。”