淮河流域地势低平，排水不畅，干流上中游排洪蓄洪能力小，洪泽湖以下排水能力不足，汛期排水困难，每遇暴雨集中，洪涝灾害严重，易涝面积占总耕地的一半。1931年淮河洪水淹地500多万公顷，死亡7.5万人。
新中国建立以来，在“蓄泄兼施，除蓄兴利”的方针下，对淮河进行了大规模的治理工程。在上游兴建水库，拦蓄洪水；在中游兴建蓄洪滞洪工程，缓和洪水对下游的威胁；洪泽湖以下开挖疏渗入江入海水道，增加泄洪排涝能量。目前，已建大、中、小型水库5000座，总库容370亿立方米，蓄洪滞洪工程十余处，可滞蓄洪水280亿立方米，入江入海的泄洪能力由原来的600—700m3/s，提高到1300—1600m3/s。
但是，淮河流域的防洪标准不高，除涝标准更低，约相当于40—50年一遇，在全国各大江河中是最低的。支流的除涝标准多为三年一遇。1954年洪水成灾面积420万公顷，1975年局部地区发生洪灾，淹地100万公顷，冲毁京广铁路100公里。近年来由于连续干旱，许多地区引水灌溉，由于缺少沉沙设施，导致河道淤积严重，大大降低防洪除涝能力。致使在1991年特大洪水时，淮河流域洪涝成灾面积达29180km2，占流域面积的10.7％，受灾人口4837万人，占流域面积内人口总数的33.19％，直接经济损失335亿元。因此，对淮河的防洪除涝问题应给予足够的重视。
淮河防洪要以扩大防洪排涝能力为中心，进行全面治理。上游要加固现有水库，增建沙颖河下汤、淠河白莲岩水库，干流出山店水库，甘江河燕山水库；复建板桥、石漫滩水库。中游要扩大排洪通道，治理好行蓄洪区，修建临淮岗蓄洪控制工程，总库容120亿立方米，但常年不蓄水，大洪水时增蓄部分洪水；开辟淮洪新河，分泄淮河洪水2000m3/s，下游要加固洪泽湖大堤，开辟新的入海通道，扩大尾闾排洪能力。
沂、沭、泗河防御洪水标准一般只有10—20年一遇，而且尾闾排泄能力不足，需建沂、沭、泗“东调南下”工程，即将沂、沭河洪水尽量东调入海，腾出骆马湖，新沂河接纳南四湖洪水。
治理沙颖河，提高防洪标准，以保护京广、阜合铁路。
（四）海河
海河历史上洪灾频繁，1931年洪水淹地330万公顷，受灾人口800万，天津被淹；1963年洪水，受灾耕地380万公顷，津浦铁路中断数十天。
海河自1964年开始治理以来，上游修建了大中型水库100余座，总库容达200多亿m3；下游开挖与扩大了骨干河道，使海河各大支流均能各自排洪入海，总泄洪能力由以前的4600m3/s增加到23000m3/s，大部分河道达到50年一遇的防洪标准。目前主要问题是29个大型水库中有20个存在险情，需要加固；广大平原中灌溉与排水的配套任务还很大，加之近年来海河平原旱情严重，放松了河道的管理维修，淤塞现象普遍存在，降低了防洪除涝能力。目前入海流量比原设计减少约1/3，海河干流由1200m3/s下降到300m3/s，永定新河由1400m3/s下降到690m3/s，独流减河由3200m3/s降至2000m3/s，滞洪区内尚有310万人在区内生活。如果出现洪水，仍会形成重大灾害。因此，今后海河的治理，首先需对上游大型水库进行加固；恢复并加大排洪河道与洼淀泄洪、滞洪的能力；重点整治永定河，大清河。
（五）珠江
珠江的洪水主要由暴雨形成，西江、北江、东江的洪水特性有较大差别，西江支流多，两岸支流洪水期不同步，致使干流具有洪水过程历时长、洪量大的特点，个别年份大面积暴雨干支流洪水相遇，发生特大洪水，1915年 7月 15日梧州出现 58700m3/s的最大流量。北江暴雨遍及全流域，洪水上涨迅速，具有峰高量不大，历时短的特点，1982年5月13日横石站出现17900m3/s的洪峰。东江有两个洪水期，前汛期（4—6月）多由锋面雨形成，后汛期（7—9月）多由台风雨形成。洪水是珠江流域主要灾害之一，全流域有93万公顷，2000万人口受洪水威胁，尤其三角洲危害最大。 1915年西江和北江同时发生洪水，受淹农田43万公顷，受灾人口 286万。广州被淹7天，三角洲堤围绝大部分被冲毁。
珠江的防洪以广州市及珠江三角洲为重点，努力提高全流域的防洪能力。现已建成水库8700多座，包括大型水库30座，总库容430亿m3，万亩以上灌区451处，江海堤围1932处，固定机电排灌站55126处，这些水利工程对防洪、灌溉，洪水起到巨大作用。在北江需加固大堤，兴建飞来峡水库；在西江兴建龙滩、大藤峡水库，加固西江下游堤防，整治入海口门，提高防洪标准。红水河水力发电梯级开发已列为国家重点开发项目，天生桥、龙滩、大化、大藤峡大坝建成后，对下游的防洪、航运、灌溉，电力等有很大的综合效益。
（六）松花江
松花江干流的洪水，主要来自山区各支流，哈尔滨的洪水50—70％来自嫩江，20—45％来自第二松花江，10％左右来自拉林河，如支流洪水同时到近，则对沿江低地城市造成威胁，1932年哈尔滨洪峰流量11500m3/s，1957年达16200m3/s，为该站平均流量的13倍，发生严重水灾。1985年黑龙江省淹地240万公顷，绝收8万公顷。
全流域已建成大中型水库130座，其中大型水库17座，但除第二松花江防洪标准较高外，其余河段只能防御10—20年一遇的洪水，大庆油田位于洪泛区内，潜伏着危险。今后一方面要进行河道清障，扩大河道行洪能力，加固加高堤防；另一方面，要在嫩江上游修建尼尔基水库，除满足供水和发电外，应留有足够的防洪库容，使哈尔滨、齐齐哈尔的防洪标准提高到百年一遇，在牡丹江上游修建莲花泡水库，使佳木斯市的防洪标准提高到50年一遇。
（七）辽河
辽河的洪水是由暴雨形成的。干流的洪水主要来自福德店以下东侧山区，一是来自铁岭附近汇入辽河的清河、柴河、汛河，另一是汇入辽河下游的浑河、太子河所造成的。辽河的洪涝灾害多集中在中下游平原，据统计，1949—1977年的28年中有21年发生不同程度的涝灾，这是由于河道淤积严重，许多河段成了地上河，河道泄洪能力低，仅2000—3000m3/s。虽然在浑河堤防失修，防洪能力差，太子河、清河、柴河、汛河上都建有大型水库控制流域面积的55％，仍不具有大幅度提高防御洪水的能力。1985年洪水不足10年一遇，却淹地162万公顷，绝收639万亩。
今后防洪首先要进行河道清障，整修加固堤防，改造河口闸坝工程，并在干流和主要支流兴建石佛寺，观音阁等水库。加强柳河流域水土保持，修建必要的蓄水拦沙工程。
辽河中下游及浑河、太子河的河水污染严重、急待治理。