沼泽是自然界各种因素综合形成的产物，是一定地区生态系统平衡中不可缺少的因素。沼泽在自然环境中的作用人们还没有深刻的认识，所以自古以来，它总是处于被改造、消灭的地位。随着科学技术的进步，人们对自然界事物的深刻了解，对沼泽在自然环境中的作用也有了新的认识，提出要保护沼泽和合理利用沼泽。
沼泽具有湿润气候、净化环境的功能，是生态系统的重要组成部分。我们知道，沼泽绝大部分发育在负地貌类型中，长期积水，生长了茂密的植物，其下根茎交织，残体堆积。潜育沼泽一般也有几十厘米的草根层。泥炭沼泽在草根层之下还有一定厚度的泥炭层。草根层和泥炭层疏松多孔，具有很强的持水能力，它能保持大于本身绝对干重3～15倍的水量。沼泽不仅能储蓄大量水分，还能通过植物蒸腾和水面蒸发，把水分源源不断地送回大气中，从而增加了空气湿度，调节降水，在水的自然循环中起着良好的作用。所以一般沼泽区气候温和湿润。据试验研究，1公顷的沼泽化草甸，在生长季可蒸发掉7415吨水分，而沼泽的蒸发比沼泽化草甸还要大，由此可见，沼泽调节气候的巨大功能。
沼泽有很大的生物生产效能，植物在有机质形成过程中，不断吸收CO2和其他气体，特别是一些有害的气体。沼泽地上的氧气很少消耗于死亡植物残体的分解，研究表明，地球上的沼泽每年向大气圈释放1.6×108吨氧气，进而改变了大气圈中气体的组成。沼泽还能吸收空气中粉尘及携带的各种菌，从而起到净化空气的作用。有人把森林比作净化空气、消除污染的工厂，沼泽同样起到这种作用。另外，沼泽堆积物具有很大的吸附能力，污水或含重金属的工业废水，通过沼泽能吸附金属离子和有害成分。所以一些国家研究把沼泽作为消除城市污水、净化环境的重要途径。
沼泽蕴藏着丰富的动植物资源，是发展副业和多种经营的重要条件。沼泽中生长着大量的野生纤维植物，特别是芦苇资源，是中国造纸工业的重要原料，在国民经济中占有一定地位，如何利用沼泽的优势发展芦苇生产，是值得重视的问题。中国是森林覆盖率很低的国家，但每年仍需采伐大量木材用于造纸工业和其他建设的需要。可是作为造纸工业优质原料基地的芦苇沼泽，却花费大量的人力、物力和财力去开垦为耕地，这种不合理的开发，既浪费了资源，又破坏了生态平衡，更不符合中国社会主义建设的经济规律。因此，芦苇沼泽应给予很好的保护，加强人工管理，提高单位面积产量。对生长发育不良的芦苇沼泽应进行改造，创造适宜的生态环境，使芦苇面积扩大，满足社会日益增长的需要。沼泽区还是鸟类、鱼类栖息、繁殖和育肥的良好场所，许多珍禽每年来到沼泽地觅食、繁殖。1976年在三江平原调查，仅丹顶鹤就有300多只。沼泽中还有许多药用植物，如睡菜、水木贼、菖蒲、泽泻、慈菇、驴蹄草、菰等；在水体沼泽化的水面上，还有浮水药用植物，如莕菜、萍蓬草、睡莲等。至于沼泽化草甸中的药用植物就更多了。由此可见，沼泽区资源丰富，种类繁多，适宜多种经营。
综上所述，沼泽具有净化空气，保护环境的作用，同时沼泽中还蕴藏着丰富的动植物资源。因此许多国家对沼泽的保护问题十分重视，制定了保护沼泽的条例和具体措施。如原苏联把沼泽的开发利用划分为开采泥炭、土地利用和保护等类型，并划定300多处沼泽保护区；德国在研究其南部的沼泽时，提出了要求保护的标准和优先保护的15个类型；第五届国际泥炭会议上，还重点地讨论了沼泽地及周围环境的保护问题。
由于沼泽保护的目的不同，如为了研究沼泽特性、形成和演化；为了保护水源；为了保护沼泽中的动植物资源；为了开辟旅游胜地……，可以建立各种各样的沼泽保护区。
(1)沼泽科研保护区。中国幅员辽阔，自然条件复杂，沼泽类型多样。研究它们的发生发展机制，生态系统结构、特征和功能，为沼泽的合理开发提供科学依据，选择不同类型的沼泽作为科学研究基地。