草甸土种稻后，原来的生草层被改造成耕作层，各种营养元素的含量由于施肥而有所提高；但也加强了粘粒和铁锰的移动和淀积，形成犁底层和出现淀积层。有的草甸土原来含有盐分或碳酸钙，种稻过程中可伴有脱盐和碳酸钙淋失过程。
草甸土起源的水稻土，水分状况好，自然肥力高，只要注意耕作施肥，土壤生产潜力很大。
(3)沼泽土起源的水稻土。在沼泽土上建造稻田，除要考虑灌溉设施外，还要采取垫土和排水等措施，降低地下水位，使地表水和地下水分离。
沼泽土一般具有腐泥层，潜在养分高。全剖面处于还原状态，含还原性物质多。开垦初期，地下水位仍高，土壤处于水分饱和状态，氧化还原状况与沼泽土相似，剖面结构也无大差异，属地下水型水稻土。当地下水位降低后，灌溉水与地下水分离，剖面上都可出现氧化态。剖面结构也进一步分化出耕作层和犁底层等水稻土所特有的土层。还可逐步发育为良水型水稻土。
无论是何种起源的水稻土，在定向培育过程中，其肥力发展大体上可概括为3个阶段。一是与不适于水稻生长的因素如沼泽化、盐渍化、干旱等作斗争，创造初步适宜于水稻生长的土壤环境，是低肥力阶段。二是在种植水稻过程中，逐步建造和形成了水稻生长所需要的剖面构造，逐渐形成一定厚度的耕作层、保水保肥而又通气爽水的犁底层和托水、托肥的淀积层，是中等和中上等肥力阶段。三是培育具有良好耕性的肥沃水稻土，是高肥力阶段。
但由于各地区的水热条件和耕作制度不同，起源土壤不一样，所以，水稻土的理化性质及肥沃水稻土的特征也会有差别。