到目前为止，尽管对印度洋的自然资源还研究得不够，但已知某些自然资源是相当丰富的。
波斯湾的石油和天然气的储量和产量都是世界驰名的。据估计，波斯湾海底石油储量为12×109t，天然气储量达7.1×1011m3。现在波斯湾海底发现30个油田，其中沙特阿拉伯萨法尼亚油田是世界最大的海底油田。波斯湾的海底油、气产量也很大，每年采油在2×108t左右，而天然气开采量达5×1010m3以上。除波斯湾外，沿澳大利亚西北部和南部的大陆架上、孟加拉湾和阿拉伯海、非洲东部沿海以及马达加斯加岛周围，都有相当多的石油和天然气的储藏。
至于金属矿藏，也以锰结核最为重要。印度洋的锰结核，往往分布在深达4000—5000m的深海盆底，其中储量较大的是南澳海盆、西澳海盆和中印度洋海盆。在印度洋中的锰结核直径一般3—5cm，大的达8—12cm，用海底照片估算其重量约可达40—50kg/m2。
在非洲南端的厄加勒斯海台发现有巨大的磷灰石矿床。在印度半岛近海、斯里兰卡周围、莫桑比克海峡、南部非洲东侧大陆架区域、以及澳大利亚西海岸的海滨砂和海岸沙丘中发现有相当数量的重砂矿。
在六十年代中期，曾于红海发现含多种金属的软泥。它们产生在21°—22°N的现代海底上约20000m的几个深海中，上覆有一层高温度（60.1℃）和高盐度（326.5‰）的底层海水。金属软泥中含有氧化物、碳酸盐和硫化物。这些金属析出的平均含量是：铁29％、铜1.3％、铅0.1％，以及54g/t的银和大约 0.5g/t的金。甚至有些软泥层中锌的富集度可高达 8.9％，而铜可达3.6％。这种金属软泥的形成，可能与大洋盆形成早期阶段，沿断裂带上升热液金属组分的沉淀作用有关。《阿特兰蒂斯Ⅱ》深洼的含金属软泥是红海中最典型的代表，也是目前世界上已发现的具有重要经济价值的含金属沉积物矿藏。沉积层自上而下大致可分为四层：顶部有10—5m的黑色细粒沉积物，主要是一些粘土和氧化铁、铁蒙脱石矿物，含有少量闪锌矿、针铁矿和菱锰矿；第二层为针铁矿层，厚2—10m，为橙黄至黄色中、细粒沉积物，主要由4—30×10