巴拿马运河大大缩短了太平洋和大西洋之间的航程，方便了拉丁美洲东海岸与西海岸以及与亚洲、大洋洲的联系，具有重要的经济和战略意义。例如从纽约到旧金山，经巴拿马运河比绕道南美洲南端麦哲伦海峡，缩短航程12579公里；从纽约到日本横滨，缩短航程5354公里；从纽约到夏威夷的火奴鲁鲁缩短了近一个月的航程，从纽约到关岛也缩短20余天。每年通过运河的船只达15000多艘，总吨位在1.5亿吨以上，货运量占世界海上货运量的5％。约60多个国家和地区使用运河，其中美国居首位，其次是日本。运河区劳务收入和船只通行税，为巴拿马经济的重要支柱之一。
巴拿马运河船只较小，通过时间较长，不能适应大型船舶和快速运输的需要，目前是运河的通航量也已接近饱和。巴拿马政府计划修建第二条运河。设计中的新运河将采用水平式方案，建在现运河西侧约16公里处，它北起加勒比海岸的拉加尔托河河口，经加通湖至巴拿马湾的凯米托河河口，长58公里（加上向太平洋和大西洋方向分别疏浚35公里和5公里，全长98公里），宽200～400米，水深30多米。一般情况下可通航30万吨级海轮，高潮时则可通行50万吨级巨轮。预计新运河将耗资83～200亿美元，耗时10年。因此，人们称它是“本世纪的最后一项巨大工程”。巴拿马运河的前景是宏伟的。