区域主导产业的选择，确立了地区间的合理分工关系，为区域经济的协调发展指明了方向。但是，由于以下原因，产业既要合理分工，同时也要协调发展：
首先，从产业成长的技术观点看。一个产业的成长总是通过投入产出关系而与其他产业相关联，推动着其他产业的发展，这就是产业成长的乘数效应。产业成长的乘数效应是产业成长的技术规律，它表明任何地区的产业都是一组具有内在联系的产业群。主导产业既是在产业群的基础上逐步发展形成的，同时又是产业群的“发展极”，推动区域产业群的发展和区域内部结构的完善。因此，从产业发展的技术过程看，产业的乘数效应决定着区域主导产业必须与其他相关产业协调发展。
其次，从产业发展的经济观点看。一个产业能否发展，关键在于这个产业能否持续不断地获得必要的净收益（利益），净收益的最低限度是能为该产业的扩大再生产提供必要的资金保证。在现代社会化大生产中，产业或企业净收益的大小，往往取决于产业或企业的经济规模。根据前述的产业乘数效应原理，无论区域主导产业的经济规模达到何种程度，总是要求相关产业的经济规模与其相适应。因此，从产业发展的经济意义来说，产业之间经济规模的适应性，决定着区域主导产业与其他相关产业的协调发展。
此外，区域产业是经常处于变动状态的。一方面，产业结构向多元化发展，不断衍生新的产业；另一方面，产业结构向高级化发展，使产业的技术水平不断提高。因此，我们在制定区域产业政策时，要持动态发展的观点，既要科学地选择能够带动区域产业结构向高级化发展的主导产业，又要合理确定相关产业及其发展速度和规模，使区域产业结构在新的较高层次上协调。
由此可见，区域主导产业的生成、发育，与相关产业的协调发展，是区域产业结构演变的普遍规律。
（二）区域组织政策
区域组织政策亦即对国民经济发展的地域组织政策，是区域经济各方面协调发展的政策保证。它的基本目标是保证国家和地区产业政策的实施，建立和规范区域经济秩序，促进区域经济均衡而有效地增长。区域组织政策主要包括区域市场的组织和地区间生产要素流动的组织。
区域市场组织是人们对商品流通大循环规律的自觉认识。即通过必要的政策手段打破区域内的行政区界限，对区域贸易进行组织，从而形成通达的区域共同市场体系，促进区域经济一体化的发展。但是，改革开放以来，我国各地区的经济发展却出现两种倾向：一方面，各省市间的经济联系日益紧密；另一方面，地区间的贸易摩擦也比较突出。因此，不断地提高区域市场的组织程度，建立区域市场新秩序，是促进全国省市经济发展和区域经济一体化的重大课题。
打破行政区界限，对不同类型的区域市场实施分类引导，是提高区域市场组织程度的关键。以沪苏浙皖地区为例，区域市场按商品流通的性质可以划分为三种类型：①直接控制型区域市场，其商品按国家的指令性计划流通；②指导型区域市场，其商品按国家的指导性计划流通；③自由贸易型市场，其商品完全按照市场调节规律运行。三种类型的区域市场在四省市同时并存，因而决定了对区域市场的组织不可能用同一方式，也不可能是各省市自行一套，应当根据计划与市场调节相结合的原则，打破行政区界限，对不同类型的区域市场进行分类指导，才能克服地区的贸易摩擦和市场的无组织状态，提高区域市场的组织程度。
由于各地区区位条件和经济发展水平的差异，同等量的生产要素投入所取得的经济收益在各地区是不一样的。因此，包括资源、资金、劳动力、技术等在内的生产要素总是具有向能取得最大效益的地区移动的趋势（我们称之为“区优效益”），从而形成地区间生产要素的流动。生产要素的合理流动推动着产业发展的区域传递和区域市场的运行，是区域经济大循环和区域经济发展的推动力量。但是，由于我国经济发展中存在着体制因素、价格因素以及其他人为因素的障碍，生产要素的地区流动受到相当程度的限制，严重影响了各地经济的发展和全国宏观效益的提高。因此，对区域生产要素流动的组织，就是要制定相应的政策措施保障和促进地区间生产要素的合理流动。由于生产要素的种类、流动方式、流动的地区各不相同，因而要根据具体情况制定相应的组织政策。
（三）区域调控政策
区域调控政策是推进区域经济持续发展的手段。我国的宏观经济调控手段是直接调控与间接调控相结合，实行中央与各省、直辖市、自治区两级调控体系。中央政府作为一级调控主体，主要是合理确定国民经济发展的规划、计划和宏观调控目标，制定正确的产业政策和其他经济政策，做好综合平衡，协调重大的比例关系，综合配套地运用经济、法律和行政手段，引导和调控经济的运行。各省、市、区是我国宏观经济分级调控体系中的二级调控主体，并具有平等的调整权益。由于区域利益的存在，各省市区之间的调控也时有发生矛盾的可能。尽量化解这种矛盾，增强各省市区政府自主调控的协同性和联系性，是推动区域经济一体化发展的基本要求。
国家的产业政策和中央政府对宏观经济的调控，是各省市区政府对地区经济调控的基本依据。由于各省市区的产业结构及发展方向不一样，宏观经济运行的特征和需求不一样，因此各自对本地宏观经济运行的调控重点、调控空间、调控时序和调控节奏也会不一样。各省市区政府在调控操作上的区别，正是它们作为二级调控主体因时因地发挥调控作用的表现。但在大的方面，特别是在涉及到地区性经济发展的问题时，无论采取什么调控操作方式，其调控指向应该一致的；而这种调控指向的基准，只能是国家的产业政策和中央政府的调控要求。各省市区政府在发挥其自主调控作用的同时，必须自觉服从国家的产业政策及中央的调控，才能在关系到区域经济一体化发展的问题上化解可能发生的矛盾。
各省市区政府自觉服从国家的产业政策，应特别注意两点：①依据国家的产业政策提出本地的地方产业发展规划，把国家的产业政策落实到具体空间。这样，从规划的高度保证各省市区产业与国家产业政策的协同，为区域产业发展的一体化奠定基础；二是根据地方产业发展规划提出本省市区的产业政策，将产业规划落实到各地国民经济发展计划和具体行业中付诸实施。
应当指出，扫除各种形式的关卡壁垒，改变地区封锁，开放各省、市之间的边界市场，是推动区域经济一体化建立区域共同市场，乃至形成全国统一市场的必备条件，是社会主义商品经济发展的客观要求，也是区域调控所应重视的一项重要政策。前几年我国许多地区所发生的各种“市场大战”，也大都发生在省（市）行政区的边界地段。因此，各省市政府应积极发挥各自的调控作用，在开放边界市场上作出自己的努力。
根据逆向运动规律，开放边界市场的主要办法是严格按照市场经济机制消除边界市场上的价格保护壁垒，为商品和货币的流通创造畅通的渠道。也只有如此，方能在各级经济区和全国范围内形成网络型区域经济体系，推动社会主义商品经济健康发展。