当然，对于因不合理开发而导致湖泊生态平衡受到的干扰破坏，要采取适当的改善措施，以逐步恢复其生态平衡，有利于湖泊资源的合理利用。围垦湖泊及兴建闸坝虽然对湖泊生态和水产资源会带来不利影响，但若采取相应的保护性措施，亦能达到恢复水产资源、发展渔业生产的目的。
1.兴建过鱼设施，适时灌江纳苗
有些湖泊因兴建闸坝而隔断了鱼类洄游的通道，可补建鱼道。建设鱼道，欧美各国已采用，并有成功的经验。中国白洋淀、洪湖、巢湖、固城湖、高邮湖等受闸坝控制的湖泊，也已补建了鱼道。江苏省太平闸鱼道就是沟通长江与邵伯湖、高邮湖、洪泽湖等湖泊的重要鱼道。据观察，在鱼苗汛期，有鳗苗、刀鱼等由长江经鱼道入湖。
灌江纳苗就是根据某些鱼类和河蟹的洄游习性，在鱼、蟹苗旺发的汛期，选择江湖水情有利时期，适时起闸，使鱼、蟹苗随江水进入湖内，以补充湖泊水产的后备资源。如湖北省的洪湖，1964年5月利用螺山排水闸灌江一次，当年产量就由1963年的770万斤增加到1086万斤，1965年达1600万斤，而且青、草、鲢、鳙等大型鱼类所占的比例显著上升，显示了灌江纳苗的效果。1972年5月13～21日，先后灌江5次，共126小时，估计灌入的鱼苗达1亿尾以上，当年在湖中就能见到体长半寸左右的青、草、鲢、鳙鱼群，渔民也经常可以捕获到体重半斤以上的个体，濒于绝迹的河蟹、鳗鲡又重新有了捕捞产量。以产河蟹著称的江苏省阳澄湖为例，该湖50年代的河蟹常年产量在10～15万斤，1951年最高产量为22万斤。1959年于下游的浏河口建闸后，中断了河蟹苗入湖的主要通道，造成河蟹产量锐减，1960年降至5万余斤，1961年更进一步下降到3万余斤。1962年开始灌江纳苗后，产量逐年回升，至1965年产量又回升至35万斤，比历史最高年产量提高了60％以上。
2.建立繁殖保护制度，促进湖中定居性鱼类资源的增长
鲤、鲫、鳊、鲌、银鱼等都是湖泊中定居性鱼类，根据其生长、繁殖的习性，规定“禁渔期”和捕捞规格，确保亲鱼产卵繁殖，大量增加其补充群体，是促使鱼类资源增加的重要措施之一。太湖渔业生产管理委员会根据国务院颁布的“水产资源繁殖保护条例”，制定了“太湖水产资源增殖与繁殖保护实施细则”，规定银鱼禁捕期为每年2月上旬至5月中旬，开捕和禁捕的具体日期均由湖管会同水产收购部门和渔业生产单位的代表经试捕确定。对于鲤、鲫、鳊等经济鱼类，经过调查研究之后也都划定了季节性的繁殖保护区，并确定了停捕、开捕的日期。这一措施经过多年来的认真贯彻执行，使太湖的鱼产量有所提高，鱼、虾、蟹年产量一般都能保持在2 000万斤以上。阳澄湖，当地管理部门规定河蟹的禁捕期为每年的6月下旬至9月下旬，最小起捕规格为一两半；鲤鱼的禁捕期为5月下旬至9月下旬，最小起捕规格为半斤；青虾的禁捕期为每年的7月上旬至8月上旬。其它如滆湖、洪泽湖等适时禁捕银鱼，也都取得了较好的成效。
3.人工放流，提高大、中型经济鱼类与河蟹的产量
自从人工繁殖培育青、草、鲢、鳙、团头鲂等鱼苗实验成功和相继推广应用之后，人工放流已成了调整湖泊鱼类区系组成，提高大型经济鱼类产量的一项重要资源增殖措施，如今全国许多湖泊都已广泛应用。在太湖的水产资源中，多年来以梅鲚、银鱼和白虾为主，这“三小”成了该湖的优势种群，占总产量的70％左右。1957～1973年陆续投放了鲢、鳙、鲤等夏花和鱼种1.2亿多尾，其中尤以1969～1973年投放的鲢、鳙、鳊鱼较多，1973年捕获的鲢、鳙鱼约占该湖鱼产的30％，鳊鱼占9％。长江下游湖泊人工放流河蟹苗的效果比较显著。河蟹本是下游湖泊的大宗水产品之一，由于江湖阻隔，产量逐年下降，高邮湖、白马湖、洪泽湖等已近乎绝迹。60年代末推广河蟹苗人工放流后，产量迅速回升。1974年洪泽湖河蟹产量猛增至140万斤左右。同年江苏省河蟹产量达1300万斤，超过历史最高年产量60％以上。