在任何一个正常的生态系统中，能量流动和物质循环总是不断地进行着，但在一定的时期内，在生产者、消费者和分解者之间都保持着一种相对的平衡状态，也就是系统的能量流动和物质循环，较长时期地保持稳定，这种平衡状态就叫做生态平衡。在自然生态系统中，平衡还表现为生物的种类和数量的相对稳定。
生态平衡是动态的平衡，不是静止的平衡。系统内部的因素和外界因素的变化，尤其是人为的因素，都可能对系统发生影响，引起系统的改变，甚至破坏系统的平衡，所以，平衡是暂时的、相对的，不平衡是永久的、绝对的。
生态系统之所以能够保持相对的平衡状态，主要是由于其内部具有自动调节的能力。对污染物质来说，也就是环境的自净能力。当系统的某一部分出现了机能的异常，就可能被不同部分的调节所抵销。系统的组成成分越多样，能量流动和物质循环的途径越复杂，其调节能力也越强。相反，成分越单调，结构愈简单，其调节能力也愈小。但是，一个生态系统的调节能力再强，也是有一定限度的，超出了这个限度，调节就不能再起作用，生态平衡就会遭到破坏。
生态平衡的破坏，有自然原因，也有人为因素。自然原因主要指自然界发生的异常变化，由这类原因引起的生态平衡的破坏称为第一环境问题。如火山爆发、山崩、海啸、水旱灾害、地震、台风、流行病等等，都会使生态平衡遭受破坏。人为因素主要指人类对自然资源的不合理利用，工农业发展带来的环境污染等，由这些原因引起的生态平衡的破坏，称为第二环境问题。
由于自然原因引起的生态平衡破坏的事例很多。例如，秘鲁海面每隔六、七年就会发生一次海洋变异的现象，结果使一种来自寒流系的鳀鱼大量死亡。大量鱼群死亡，使吃鱼的海鸟失去了食物，造成海鸟的大批死亡。1965年发生死鱼事件时，使一千二百多万只海鸟饿死。海鸟大批死亡，鸟粪锐减，当地农民又以鸟粪为主要农田肥料，结果，由于失去了肥源，农业生产也遭受极大损失。
人为因素引起生态平衡的破坏，问题也是十分严重的。主要有三种情况：一是生物种类成分的改变，当人类有意或无意地使生态系统中的某一种生物消失，或引进某一种生物，都有可能影响整个生态系统。如在澳大利亚的草原上引进欧洲野兔，结果野兔成灾，使局部草原生态系统被破坏；二是环境因素的改变，这也是第二环境问题的主要方面。工农业迅速发展，产生大量的污染物质，进入环境后，使生态系统的环境因素发生了改变，影响整个生态系统，甚至破坏生态平衡。如含有氮、磷等营养物质的污水进入水体后，由于营养成分的增加，水中藻类会迅速繁殖。大量藻类的出现，又会使水中的溶解氧大量消耗，水中的鱼类等动物就会因氧气的缺乏而死亡。这种环境因素的改变，使生态平衡遭受破坏的事例，是屡见不鲜的；第三是信息系统的破坏。在生态系统中，某些动物在生殖时期，雌性个体会排出一种性激素，靠这种性激素引诱雄性个体，完成配偶，繁衍后代。当人们排放到环境中的某些污染物质，如果与某一种动物排放的性激素作用，使其丧失了引诱雄性个体的作用时，就会破坏了这种动物的繁殖，改变生物种群的组成，使生态平衡受到影响，甚而遭到破坏。