许可证制度也是国外比较普遍采用的控制污染的法律制度。它被说成是污染控制法的“支柱”，广泛用于各种对环境有影响的建设项目、排污设施和经营活动。水体排污许可证使用得尤其普遍。
采用这种制度的好处是：（1）可以把污染源设置和各种排污活动纳入国家统一管理的轨道，严格限制在国家规定的范围之内；（2）结合不同情况和要求，使排放标准的执行更加具体化、合理化；（3）具有较大的灵活性，可以根据各种不同情况，在许可证中规定具体的限制条件和特殊要求。
执行许可证制度的关键问题是制定恰当的排放标准和规定具体义务。许多国家的法律都尽可能对一般义务和要求作出规定。西德“污染控制法”中具体规定了须经许可的设施经营人的义务：（1）不得对环境造成有害影响；（2）应采取防治措施，特别是依照最新技术水平，采取限制排污的措施；（3）无害地利用生产的残余物质。同时还规定必须履行下列要求：（1）设施必须符合规定的技术要求；（2）排放物不得超过规定的限量；（3）设施经营人应依照法定规程对排放物和污染量进行测量，或使他人进行测量。法国的1964年水法规定，排入公共排水系统的污水必须经过预处理。不经处理排入自然环境的废水必须是无害的。无害的标准是：不引起鱼类死亡；不影响自然环境及正常用途；不含有有毒及易燃物质。
在日本和荷兰，实行一种类似许可证制度的“防止公害协议书”或“契约保证书”制度。这是在筹建对环境有影响的企业或工程时，由地方政府、有关当局和筹建人共同协商签订的议定书。议定事项与许可证规定条件类似，目的也是使企业投产后保证遵守国家规定标准和义务，将其对环境的影响，限制在国家允许的范围内。这种制度的好处是，除了对经营人具有约束力之外，还促使企业同政府合作与配合。
我国对污染源和各种排污活动的管理，还是一个薄弱的环节。各种单位都把环境作为天然“垃圾箱”任意排污而没有任何批准手续。这是我国环境污染日趋严重并难以控制的原因之一。正在制定的《水污染防治法》规定了向水体排污单位，必须向当地管理机关申报登记拥有的排污设施及排放污染物的种类、数量、浓度。拆除或闲置污染物处理设施，应提前申报并征得同意。这样规定是十分必要的。