以色列中部军区司令员乌齐.纳尔斯基少将负责指挥进攻耶路撒冷及周围地区。他派米.阿里的第10机械化旅控制耶路撒冷走廊，切断该城与腊马拉之间的公路，古尔上校指挥的伞兵旅负责占领旧城。5日夜，以军开始猛攻耶路撒冷。6日晨，古尔伞兵旅越过曼德尔鲍姆门和警察学校之间的地区。6日上午，以军夺取了耶路撒冷旧城至以色列占领的斯科普斯山之间的地区，古尔伞兵旅在山下占领阵地，并与山上取得了联系。7日，古尔伞兵旅开始向耶路撒冷城内进攻，很快占领该城。
在北部的纳布卢斯和杰宁方向，5日，以军在空军的配合下，首先进攻杰宁以西约军炮兵阵地。接着，巴尔.库奇瓦指挥的以军装甲旅卡巴蒂亚，切断了杰宁与纳布卢斯和约旦河西岸其他大部分地区的联系。约军装甲部队进行反击双方展开了一场坦克战。库奇瓦部队突破约军防线后与一个步兵旅汇合，然后分两路进击杰宁，并占领该地。6日，以军向东西两翼进攻纳布卢斯，并于当晚占领该城。7日，以军占领了耶路撒冷东区和约旦河西岸约旦管辖的全部地区。当日20时，约旦和以色列接受联合国停火决议。
4、以色列占领叙利亚戈兰高地
安理会通过了“立即实现停火”和“限期停火”的决议，以色列8日同意“停火”，到9日，又开始向叙利亚发动大规模进攻，进攻方向指向戈兰高地。
戈兰高地是叙利亚西南边境内一条狭长山地，海拔600—1000米。从北部的谢克山到南面的雅穆克河，长60公里，中部最宽处约20多公里，面积1.15万平方公里，这里有公路通往大马士革。戈兰高地与以色列接壤，居高临下，对以色列威胁甚大。叙利亚在戈兰高地原驻有三个步兵旅，到战争爆发前，叙利亚为防御以色列进攻，又增派了4个旅，其中有两个步兵步兵旅，一个装甲旅和一个炮兵旅。
以军进攻戈兰高地的部队有6个旅，其中3个旅从北进攻，2个旅从南进攻，1个旅机动作战。
9日11时30分，以军从南北两面向戈兰高地进攻。北路由北部军区的艾伯特.曼得勒装甲旅、约纳.埃夫拉指挥的“戈兰尼”步兵旅和巴尔.科奇瓦的装甲旅组成。
9日，曼得勒旅攻下卡拉，“戈兰尼”旅则分兵两路，一路向巴尼亚斯出击，另一路指向特勒阿扎奇高地，并于当晚占领了该高地，接着“戈兰尼”旅又向这里的山上推进，于午夜占领了山上的叙军阵地。
10日，以军科奇瓦旅协同“戈兰尼”旅一部进攻巴尼亚斯，并向艾因菲特和冯马达推进。曼得勒旅此时从卡拉德东进击库奈特拉，未经战斗就占领了库奈特拉。
从南部进攻戈兰高地的以军由古尔伞兵旅和阿夫农步兵旅组成，他们首先向塔瓦菲克和雅穆克河谷发起进攻，在夺取塔瓦菲克后，又攻克了菲克和埃拉尔，并沿太巴拉湖东岸开进。到6月10日晚为止，以军夺取了戈兰高地的大部分地方和通往大马士革的几条主要公路，夺取了横跨阿拉伯地区通往黎巴嫩的输油管。
6月11日，叙利亚和以色列签署停火协议。至此六.五战争宣告结束。
在六天的战争中，埃及、约旦、叙利亚三个阿拉伯国家遭受严重损失，伤亡和被俘达6万余人，而以色列仅死亡983人。通过这次战争，以色列占领了加沙地带和埃及的西奈半岛，约旦河西岸，耶路撒冷旧城和叙利亚的戈兰高地共6.5万平方公里的土地，战争中有100万阿拉伯人和巴勒斯坦人逃离家园，沦为难民。