三峡工程环境影响已有许多资料和研究成果：
长江珍稀、濒危物种面临灭绝
库区是青、草、鲢、鳙四大家鱼的天然产卵场之一，原有11个产卵场，以忠县产卵场最大，蓄水后被破坏。白甲鱼、中华倒刺口、岩原鲤在渔获物种比例减少。三峡库区分布41种鱼类，其中2/5是长江上游特有鱼类。受到极大的危害。铜鱼资源因不适应静水生态，资源明显下降。白鳍豚几乎灭绝，白鲟、中华鲟、达氏鲟、江豚、胭脂鱼等也受到极大的冲击。
库区水污染加重
城镇岸边污染带、港口、河湾、坝前、支流（如香溪河等）、底泥（汞污染）等污染更突岀。库区分布有重庆长寿化工园区、万州盐化工基地、涪陵化工基地（天然气）、兴山化工总厂（黄磷、工业磷酸、二聚磷酸钠）对库区水质构成巨大威胁；调查的23条支流中，半数以上出现水华，这是河流变成湖泊型水库之后富营养化的表现。三峡库区水质改善与库区产业发展将长期面临着难以克服的矛盾。
坝下冲刷，对坝下河岸安全构成威胁
荆江南岸塌岸明显增加，部分河段冲刷量为建库前10倍。三峡工程的第一个要务就是防洪，但是我认为清水对于坝下江岸（特别是在河曲江段）冲刷，恰恰跟这样一个功能是相反的。所以这个问题在论证时虽被提及，但沒有引起足够的重视。
河口：土地减少、海岸冲刷、海水倒灌、渔场受损
对上海影响：有利有用的少了，没有了（泥沙、水量、优质水体）；有害有毒的多了，出现了（水污染物、盐碱化、海水倒灌）。
十年前我就提出这个观点：将来最大的受害者就是上海。就是说，对上海有利的没有了。例如，泥沙对于上海是一个很重要的资源，过去平均每年要伸出四十米，现在没有了。对上海有害的现在增加了。例如，长江污染、海水倒灌、海岸冲刷等将加剧，对于长江口和东海渔业生态系统也将造成不利影响。
我个人的观点是，未来要非常重视上海在长江流域整体开发之后带来的负面影响，特别要考虑到极端气候变化的影响。我们在考虑三峡工程的防洪时，考虑到十年一遇，五十年一遇，百年一遇，乃至千年一遇。对于上海的不利影响也应该考虑到十年一遇，五十年一遇，百年一遇的极端情况的发生。例如，干旱年、加上冬季三峡和上游水库蓄水，加上南水北调调水，长江流域工农业用水和生活用水，加之海平面上升和碰到大潮，这些极端情况遭遇在一起的后果。
陆生生态：库区消落带已成为一个难以解决的问题
库区消落带对景观造成严重的视角污染，对河岸的稳定性也造成威胁。三峡库区是水土流失严重区，山高、坡陡、耕地缺乏，退耕还林已实施多年，但在三峡库区还存在大量大于25度以上的坡耕地。
景观：峡区雄伟奇特的美感降低
例如，对小三峡、夔门等的影响就很大。有人认为，三峡山高1000-2000多米，水库才抬升100米左右，不会影响峡区景观。这种观点是不对的。因为感受高峡雄伟的最佳位置是在船上，能见的范围是两岸山体。相对高度只有几百米，水库蓄水以后急流变缓流，雄、奇、伟的感觉就大为逊色。
地质灾害：全库区发生新老滑坡变形 、坍塌
175米试验以来，全库区发生新老滑坡变形200余起，塌岸百余处，不稳定库岸30公里，涌浪开始出现。库区22个区县地质灾害隐患点9324处，修建前为5512处，2003年蓄水后新增3812处。
文物被淹没
三峡库区是巴楚文化中心，拥有中国最古老的人类化石地点—巫山龙骨坡遗址、巴国王陵—涪陵小田溪墓群，巴东旧县坪遗址（宋代）、涪陵白鹤楼、大溪新石器时代遗址等。对他们的历史和价值来不及系统研究和深度挖掘、评价就被淹沒，一批无价之宝丧失，实是可惜。
流域水资源分配矛盾增加（鄱阳湖、洞庭湖）
三峡工程之后，各地、各部门对水资源的争夺加剧，湖北省要调长江水去汉江，江西省要在鄱阳湖建闸，洞庭湖也另有一翻打算。加上长江上游无数的水电站的建设，未来长江将不可能是一条健康的河流。