明朝时，统治者为了“守边防番”，在各地增修城堡，并派兵驻守。洪武时期，在今青海同仁地区设置保安站、保安堡；万历年间，在同仁隆务地区设置“保安营”，并扩建为保安城，隶属河州卫，置都指挥，管辖同仁十二族（亦称“保安十二族”，意为同仁地方的十二个以藏族、土族居民为主的大部落）。这时在包括同仁在内的河州一带落户的蒙古人、色目人仍然居多。原信仰伊斯兰教的居民主要聚居在隆务河边的保安城、下庄和尕撒尔等地。后来明朝政府不断从各地调来大批回、汉族军士屯田戍边。“保安营”得到发展和扩大，保安地方的民族成分也发生了变化，以色目人后裔为基础，回族、蒙古族、藏族、汉族、土族等民族相邻共处，联姻结亲，在长期的共同生活中，形成了共同语言，具有了共同心理素质，大致在明朝中叶，自然融合成为一个新的民族共同体——保安族。
清咸丰、同治年间，由于受当地喇嘛教隆务寺封建农奴主的欺压，保安族被迫迁徙，在循化住了几年，又转入甘肃，在积石山边临夏大河家、刘集一带定居下来，在新的定居地，保安族仍按同仁居住时的习惯，尕撒尔的保安人聚居在大墩村，下庄的保安人聚居在甘河滩村，保安城的保安人聚居在梅坡村，形成今天的“保安三庄”。从清末至民国时期，保安族一直处在地方军阀马安良、马步芳等统治下。1930年起，国民党政府推行保甲制，将该地划为“两保”。
历史上，保安族人民曾以不同形式参加了临夏地区回、汉各族人民的反封建斗争。清同治初年，保安族在由青海同仁向临夏迁徙的过程中，参加了当地回族反清起义。1900年八国联军侵犯北京时，驻守京城的“甘军”中有十几名保安族战士同兄弟民族士兵一道，英勇地打击外国侵略者，一些保安族战士献出了自己的生命。在国民党政府统治期间，保安族人民不断地同封建统治阶级和国民党政府的派捐、派差、抓丁、强占水利资源和山林等暴行展开斗争。他们常常男女老少一起出动，拿起斧头、刀子同反动乡政府以及地主爪牙们展开英勇的斗争。这充分表现了保安族人口虽少，但不畏强暴、英勇不屈的团结战斗精神。
关于保安族的早期生活，文献记载比较缺乏。据民间传说，约在清同治时从青海迁到甘肃以前，社会生活中已经呈现出很多封建社会的特征。保安族的早期社会，大体沿袭历史旧制，除以部落组织的形式，受地方土司管辖外，各村都设有头人主持事务，称作“坊头”。很多“坊头”倚仗权势，霸占土地，进行残酷的封建剥削。
保安族迁到甘肃临夏大河家地区以后，原来的封建头人便与当地官僚、地主、教主们勾结，霸占了大片农田、林地、果园，垄断了保安三庄的三条峡水。在保安三庄，占总户数6.7％的地主、富农却占有全部耕地的33％以上，并和当地回族官僚、地主共同霸占着大河家地区的大片林地和果园，几乎垄断了当地所有的水利资源。贫苦农民只能耕种沿山根的干旱地或河滩地，他们多数沦为地主的佃户，受到沉重的地租和高利贷剥削。在这里，实物地租是地主对佃农进行剥削的普遍形式，租率一般在50％以上。高利贷剥削名目繁多，其中被称为“驴打滚”的月利一般为一分，致使农民负债累累。佃农们每年起码要为地主无偿劳役三个月，替地主家修房子、打堡子、整果园等等，甚至农忙时节也要随叫随到。正如地主叫嚣的：“你们的油缸倒了，也得先扶我的水缸。”保安族居住的梅坡、麻池、岔口三个自然村，新中国成立前就有180户人家给地主扛长工和短工。不仅如此，地主阶级还通过雇佣长工、买卖丫环等形式进行剥削和压榨。这些都显示了新中国成立前的保安族社会封建性较强的特点。在野蛮的封建压榨下，保安族地区的农业生产十分落后，贫苦农民过着糠菜半年粮的悲惨生活。