两千多年以前，张骞通西域，西汉王朝在西域设置“西域都护”。帕米尔东部的各伊朗语部落与中央王朝确立了行政上的从属关系。在张骞通西域之后，前往大月氏、安息等国的使节和商人不断经过帕米尔地区，帕米尔成为古代“丝绸之路”上东西交通的必经之路，使得塔吉克族和汉族等兄弟民族之间在经济、文化等方面的交流也越来越频繁，促进了塔吉克族古代社会的发展。
公元2、3世纪，生活在帕米尔高原的塔吉克族先民们建立了朅盘陀国。“朅盘陀”一词在东部伊朗语中意为“山路”或“山间平地”。 朅盘陀地处丝绸之路的孔道关隘，对东西方的经济和文化交流起着桥梁作用。
朅盘陀国在我国塔吉克族历史上留下了深远的影响。据《大唐西域记》及其它史料的记述，朅盘陀国在当时塔什库尔干及其周围地区开挖渠道，兴修水利，大力发展灌溉农业；修建驿站及免费提供过往行旅住宿的房舍，以保证丝绸之路的畅通；修建城堡、城市，社会文化也得到相当大的发展。在南北朝时期国力最为强盛，都城周围约十余里，还环绕着12座城堡。当时，朅盘陀国建筑了10多座寺院，僧侣达500人之众，国王还恃武力，从邻邦“请”来当时号称“四日照世”之一的名僧童受，并为他修建了“台阁高广，佛象威严”的寺院，使朅盘陀成为这一地区小乘佛教中心。朅盘陀国继承并发展了汉代葱岭各部与中原地区的密切关系，即使在中原分裂后形成南北朝期间，也屡次派遣使者，远行万里，同北魏和梁朝进行联系，并贡献土产。唐初，朅盘陀受辖于播密州，属安息都护府节制，同中央的关系更加密切。
朅盘陀国大约存在500多年，唐朝开元年间（713-741年），吐蕃势力达到帕米尔一带，朅盘陀国国王裴星归降吐蕃。此后，唐朝为加强西部边防，在开元年间设立了属安西都护府管辖的“葱岭守捉”，扼守帕米尔高原，实行有效的管辖。宋、元之际，塔什库尔干称为色勒库尔，朅盘陀的后代也随之成为色勒库尔人。
蒙古人征服中亚之后，色勒库尔连同中亚大片土地一起便归属于察合台汗国。由于几经战乱，又常遭附近割据势力的掳掠，色勒库尔的塔吉克族人口锐减，而且大部分散居在深山幽谷之中，在那些外人罕到的地方放牧少量牲畜和耕种小块土地，经济发展停滞。在宗教信仰方面，则和附近居民相似，普遍皈依伊斯兰教，并最迟在11世纪， 加入了伊斯兰教的伊斯玛仪教派。明朝时期，统领南疆广大地区的叶尔羌汗国一直向色勒库尔派驻阿奇木伯克，色勒库尔地区成为叶尔羌汗国的一部分。叶尔羌汗汗国解体之后，由于战乱仍频，塔什库尔干地区和塔吉克人的社会生活受到严重损害，很多人背井离乡，流离失所，生产凋敝，民不聊生。
17世纪初，色勒库尔为察合台汗后代建立的东察合台汗国所属。由于社会环境比较安定，人口逐渐发展，在色勒库尔的中心地带建有许多小村落。18世纪初，伊斯兰教的伊斯玛仪教派的“伊禅”色以提利在察合台后裔的支持下成为色勒库尔塔吉克的统治者。
1759年，清朝政府平定了大小和卓之乱，在新疆实行军府制度，设置了统辖新疆的伊犁将军，喀什噶尔以西及帕米尔地区都属喀什噶尔参赞大臣直接统辖。色勒库尔沿明旧称，划为色勒库尔回庄。它与南疆其它地区一样，实行伯克制，由叶尔羌办事大臣委派五品至七品伯克，管理地方行政事宜。1884年新疆建省，取消了南疆的伯克制，色勒库尔由莎车府分设“蒲犁分防通判厅”。辛亥革命以后改为蒲犁县。蒲犁庭下辖27个庄，每庄由分防通判（后来由县长）委派当地上层分子一人担任“乡约”管理全庄。